一大早,图谱君还在喝流奶补充体力的时候,领导下达了一个紧急任务,写一个基金申请方面的微信稿,今天就要交!!!!!!!! 想起我上学那会儿,小老板熬了好些个夜,掉了好几撮头发,写出了个基金本子,最后还被大老板批成是shit的悲惨故事!! 我这大半天就要写出个基金,我了个乖乖,我这是要逆天了吗?静下来又细看一下任务,还好,只是介绍介绍,不是真的基金,凭着图谱君在百迈客长时间的修炼,现学现卖的本事早已炉火纯青,水平已不是当日吴下阿蒙,逆个小半拉子天还是可以的了。 好了,怎么学?特别是快速学习,方法主要有2种,一种是利用网络,各种搜索;还有一种是寻求专业人士,在这里就是手上有基金的人士支援。 受益于图谱君平日积下的德,没多久就获得了一大波资源,在此整理一下,分享给大家。 从今天开始到18年国家自然基金上报截止日期为止,图谱君会把压箱底的干货资料都毫无保留的发放给大家,敬请期待!(PS:如果反响强烈,图谱君还会把最新出版的springer基因定位相关的书籍共享给大家滴~~) 什么是国家自然科学基金 上世纪80年代初,为推动我国科技体制改革,变革科研经费拨款方式,在小平同志的亲切关怀下,国务院于1986年2月14日批准成立了国家自然科学基金委员会,管理国家自然科学基金。30年来,科学基金不断完善同行评价体系,提升资助管理水平,逐步形成了包括探索、人才、工具、融合四大系列的资助格局。 然科学基金申请资格 那么谁可以申请国家自然科学基金呢,说到这,首先得提一下依托单位,科学基金接受自然人申请,但项目的实施得是在可以承担自然科学基金项目的法人单位。国家自然科学基金条例的第八条规定:中华人民共和国境内的高等学校、科学研究机构和其他具有独立法人资格、开展基础研究的公益性机构,可以在基金管理机构注册为依托单位。当然,可以注册不一定意味着注册成功哦,基金委会审,2017年,基金委批准了160个单位为自然基金依托单位。那么依托单位里什么样的研究人员可以申请基金呢,条例第十条规定如果你满足以下2个条件任意一个,就可以申请,第一个具有承担基础研究课题或者从事基础研究的经历,第二个是具有高级专业技术职称或者有博士学位,如果你既没有博士学位又没有高级职称但是你有火热的科研热情,基金委也不会对你熟视无睹,只要有2名具有高级专业技术职称且与你申请课题研究领域相同的科技人员对你进行推荐,你也可以申请,但如果你很不幸在一个不是依托单位的单位,那你是不是就不能申请了呢,当然不是了,别说你的单位不是依托单位,就算你没有单位,只要你找到一家依托单位,和他协商好,你也可以挂在该单位申请基金,当然,这个实际操作起来会麻烦些,不过想想科学研究中的困难,这就不算困难了,对吧。当然,自然基金项目类型那么多,很多项目在上面所说条件的基础上,还会有很多特殊要求。具体可以参考项目指南:http://www.nsfc.gov.cn/nsfc/cen/xmzn/2018xmzn/01/index.html。 年自然基金资助情况 2017年基金委共接收了各类项目申请202248项,前三甲的项目类型分别为面上项目:18136项,青年科学基金:17523项,地区科学基金:3017项。财政支出总计花了267.28亿元,和2011年相比整整增加了90%,怪不得这几年科技服务的公司越开越多了呢。 这么多的钱都去了什么地方呢,你如果以为是大家一起分分,那你就图样图森破了,我们来看看下图,2017年受资助经费超过10亿元的省份共有7个,资助前5位的省份占总资助的54.97%!分别是北京,上海,江苏,广东和湖北,妥妥的都是科教大省市。 再谈谈获得项目支持最多的三类项目,相对来说也是最容易申请的,如下表所示,资助率平均在20%。 面上项目是国家自然基金资助数目最多,学科覆盖最广的一类资助类型,项目经费占各类项目资助总经费的45%以上,在职攻读研究生学位的人员经导师同意后也能申请,面上一般资助期限为4年;青年科学基金这是一类对于刚获得博士学位的研究人员来说相对比较容易申请的资助项目,且对于符合条例第十条规定的在职攻读博士学位的人员,经导师同意后也能通过受聘单位申请,不过这个只是基金委对年轻人的关爱,在你科研的道路上扶你上马走一程,项目期限为2年, (国内的大环境,一般没有基金的话,是不可以上副研的)所以,我们也应该理解这个项目类型只能获得一次资助的规定;地区科学基金是重点支持偏远地区的,偏远地区条件差,基础薄弱,基金申请写研究条件的时候难免被发达地区比下去,所以基金委直接出台了这么一项,简直是太贴心了。 2018年度自然基金申请 一般来说每年的12月份会发布下一年的项目申请指南,很多新人、老手也是这以后才开始准备本子的,2018年国自然本子的集中接受期 从2018年3月1日开始,3月20日16时截止(3月17-18日办公,其他法定假日不办公)。当然基金申请是需要依托单位的,所以,每个单位都有自己的截止日期,一般都是早于20号的,晚了,就不给你整啦。对于各种规定,可以通过官网查询,特别详细,基金委官网:http://www.nsfc.gov.cn/,登录https://isisn.nsfc.gov.cn/egrantweb/,可以查询往年资助详细,2018年申请受理注意事项:http://www.nsfc.gov.cn/nsfc/cen/2018sqsl/index.html。 金撰写 说起撰写基金,那估计很多人都有一大把心酸泪,那些掉了的发,敖红了的眼,毙掉的本子,想想都心痛。但是申请的多了,必然就有一大堆经验了,自己的拿出来分享,别人的拿来用,推荐2个网站,科学网的http://bbs.sciencenet.cn/和http://blog.sciencenet.cn/上面一堆关于基金申请和评审的相关知识,小木虫http://muchong.com/bbs/上面有很多血泪教训。 自然基金注重的是研究的科学价值,创新性,可行性和社会价值,首要在于选题,选的题目得有创新点,创新不能脱离前期实验支撑,和可行性相辅相成。我们以青年基金为例,一般新毕业的博士申请的比较多,但是纵你有一千个想法,个个都说出花来,如果没有研究基础,可行性就大打折扣了,所以,很多青年基金的申请一般都不会脱离博士课题的研究,但也不可能拷贝学位论文,在博士期间课题的基础上寻找切入点,深入一下,来点新的,这样可行性,创新点基本都有啦,科学价值和社会价值那是必须的了,当然,要是你的博士课题很扯,那咱就想想别的办法,或者就去拼人品吧。 既然是申请基金,那就得按照基金委给你化的条条框框来,不能只讲idea,很多时候辛辛苦苦写出的本子,在初审的时候就被刷了,那基本都是格式审查没过,这几年每年都有2%左右的本子都是因为格式被刷了,有些是纯粹打酱油,不怕浪费单位资源,不怕挨批,那被毙了也不可惜,就当是凑热闹了,但有些基础扎实、立题新颖的本子如果因为格式没过,那就太可惜啦,一些比如人员超项、申请代码选择错误、依托单位不一致、申请人和参与人的资格问题等,在这些问题上翻了,可对得起你完美的课题设计呀?2017年不予受理的最多原因竟然是依托单位或者合作单位没有加盖公章,或者名称和公章不一致,达到了568项,这是什么鬼??图谱君表示理解不了,难道你们单位没章?还是单位水太深? 当然基金委还是很开明的,接受申述,2017年 有708个本子表示不服,为什么初审都不给过,太丢人了,基金委接受了509项,维持原判466项,重新考虑了43项,最后有9项成功得到资助,厉害了!! 接下来说说基金正文,主要包括三个部分,第一部分是立项依据和研究内容,包括5个小项:第一是立项依据,主要是研究意义和国内外研究进展,指出课题的空白点、难点,确立本子的研究着眼点,当然什么国内领先、填补空白这种词就少用用吧,留着等你做出大成果被报道的时候用吧;第二是研究内容,研究目标和拟解决的科学问题,这一部分的文字可能不是最多的,但却是最重要的,评审专家看得最细致,征服专家就在这一段了,虽说是同行评议,但评审专家不可能什么研究方向都是特别精通的,通过这一部分,让专家明白你的方向,理解你本子的科学价值,做到大同行能看懂,小同行能看出水平; 第三是研究方案和可行性分析,研究方案包括研究方法、技术路线、实验手段和一些关键技术的说明,可行性分析就是本子的研究基础呀,国自然资助的研究一般不太可能是前期什么都没做的,只给专家画一个饼,技术路线里最好已经是完成了一部分,后续的实验材料已经准备完善了,举例证实你用的技术方案是可行的,你的实验平台是可以支撑你的实验方案的,这个时候很多大单位,大牛的实验室就占优势了;第四是本子特色和创新点,这个是必须写的,符合我国新时代的科学发展之路,当然不用篇幅太多,半页都算多了;第五是研究计划和预期结果,以年为单位,这个时候就要画饼啦,当然别胡扯,按照研究内容和技术路线写踏实点,专家的眼睛雪亮,就你那点东西还能做到天上去。 第二部分是研究基础和工作条件,其实这部分内容有一些是上一部分可行性分析的补充,如果研究基础的结果比较多,发表了相应的文章,那么什么重点图表啥的都给整上去,工作条件什么的把软硬件都写上去,什么实验设备,PCR仪、高速离心机都可以写上,前提是这些东西对你的实验的确比较重要,软件之类的可以写写你的门路,比如你的实验和什么大专家合作呀,不过要是你写的专家和评审你的专家不对付,那就不好说啦。当然大多数专家都是很理性的,所以该傍的大腿还得傍,因为评审你的专家不可能正好是你研究方向的专家,如果你的本子后续在大专家的指导下实施,那会显得比较靠谱。还有就是目前承担的相关项目呀和完成过的国自然情况,这个不一定和本项目相关,这些没有就写无好了。 第三部分就是一些情况调查啦,主要是申请人本人和参加人员申请不同类型基金的情况,有啥说啥就好了 后面就是申请人简历和参与人的一些基本介绍了,这个时候把自己发过的文章都列上,这个都是实力的象征啊。记住,基金委让写的东西都是有用的,哪天你要发现,你因为简历不够鲜亮,被竞争掉了,也别觉得怨,踏踏实实来年再写,用实力来丰富你的简历。 最后就是签字盖章页了,合规合法从来都是最重要的。 当然了,所有用到参考文献的都得附上,尽量找最近三四年之内的,格式啥的都整好了,在endnote下面自己编辑个filter,这样格式不容易出错。说到这,大家有没有觉得大部分这些内容都有毕业论文第一章的既视感,还没有毕业的同学们,好好写毕业论文,对你申请基金有好处哦。 唠叨了这么多,图谱君好像没说图谱呀,其实涉及基因定位的基金申请还是挺多的,但是具体方法还是和所研究的领域方向,具体目标有关系,目前来说,图谱的构建是大多数基因定位本子的研究基础,后续再根据实际,去考虑具体创建什么样的材料,运用什么定位方法,开发什么标记,话说百迈客在这些内容的解决上是经验多多啦。什么时候图谱君拿到了一个真实本子的授权,再以其为例,说说大牛或小牛的实验构思,技术方法吧。 话说写基金其实就是养猪,养一只好猪、肥猪、健康猪,卖给基金委,拿钱。我们很多人没养过猪,但谁还没花过卖猪钱啊。 最后,来2句名人名言,不做翻译,大家自行体会。 遗传群体事业部 闻伟锷 | 文案 许语辉 | 审核 图片来自网络,侵删    ...

1. 研究背景 杂种优势,是杂合体在一种或多种性状上优于两个亲本的现象。杂交种的优良表现体现在多个重要农艺性状中,如抗逆、育性、生物量和产量等。同一个基因型,或不同基因型组合的多种性状,杂种优势程度不同。杂种优势被广泛利用于商业植物育种计划中,但其遗传机理并未得到彻底和统一的解释,仍然存在争议。一百多年来,遗传和育种学家们不遗余力的研究杂种优势的形成机理,并尝试构建各种遗传模型用于解释杂种优势现象。基于单个遗传位点不考虑上位性理论,并结合隐性产生不利影响的假定,产生了两个重要的杂种优势机理假说,包括显性假说和超显性假说。显性假说认为来自于一个亲本的不利等位基因被来自另一个亲本的有利等位基因掩盖而产生杂种优势现象,超显性假说认为杂合位点本身比纯合位点表现优良,因此,基因型的杂合程度与杂种优势表现成正比。另外,还有一个假说,即上位性假说,它认为非等位基因间正向的互作效应也会引起杂种优势现象。 分子标记的发展和饱和连锁图谱的构建为解析杂种优势遗传基础提供了新的工具。两个主要的新方法应运而生:1.利用分子标记的信息,探索杂种优势与亲本遗传多样性的关系;2.对杂种优势QTL进行定位,以此挖掘出控制杂种优势的基因。利用分子标记信息进行QTL作图,挖掘控制杂种优势的数量性状位点,是研究杂种优势机理的常用方法。但是,以往的低密度分子标记并不足以检测控制复杂性状的多个连锁基因。因此,需要将标记的密度提高到覆盖全基因组,且涉及到群体内所有可能出现的重组事件,比如利用高通量测序的策略,这样,才有可能在一个杂交种中将其表现的杂种优势现象解释清楚。 永久F2群体可以提供可用于重复试验的基因型相同的种子,构建过程中也含有丰富的重组信息,适合对杂种优势的遗传机理进行剖析。 2.研究方法和预期结果: 2.1表型数据的处理 利用方差分析计算各性状的环境方差、重复方差(有试验重复)、遗传方法、基因型与环境互作方差、误差方差和遗传力,并估计哥哥变量的遗传效应。方差分析的线性模型为: μ,e,r,g,ge,ε 分别为群体均值,环境效应,重复效应,基因型效应,基因型与环境互作效应,误差效应。环境和重复设为固定效应,基因型以及基因型与环境互作设为随机效应。上述模型得到的基因型估计值作为矫正表型值,在以后的分析中代替表型值,以期望得到更加准确的预测结果。 2.2遗传图谱的构建 2.2.1 高密度图谱的构建 依据测序(最好是重测序)开发的SNP及InDel标记,由于重测序上图的SNP个数大于重组事件数,因此将没有发生重组的SNP位点聚成一个单元,每个单元称为一个Bin。以Bin为标记进行遗传图谱构建。如下图所示: 2.2.2永久F2群体图谱构建: 永久F2群体的标记基因型由RIL群体的标记基因型根据组配方式推知,构建永久F2群体的高密度遗传图谱。 2.3 RIL群体和永久F2群体自身表型QTL定位 在RIL群体和永久F2群体中进行性状的QTL定位以及效应估计。利用IciMapping V4.0检测加性(显性)QTL,同时检测二维互作位点的上位性。QTL加性效应有基因型显性纯合位点和隐性纯合位点间的平均表型值间的差异决定,显性效应是由基因型纯合位点和杂合位点间平均表型值间的差异决定的。QTL作图所用方法是表型对标记变量的逐步回归法,表型数据为上述线性模型计算得到的矫正表型值。 2.3.1 RIL群体的QTL定位 利用完备区间作图法,以RIL群体的性状为表型数据进行QTL定位和效应估计,得到的结果如下表: Traits Chromosome Distance(cM) Marker LOD PVE(%) ADD yield 1 10 bin1 4 11 -0.11 height 2 20 bin2 5 15 0.11   2.3.2 永久F2群体的QTL定位 永久F2群体可以检测到显性QTL,同时也能对QTL的加性效应和显性效应进行估计。同样利用完备区间作图法,进行永久F2群体的QTL定位,结果如下表所示: Traits Chromosome Distance(cM) Marker LOD PVE(%) ADD DOM yield 3 20 bin3 3 10 0.12 0.03 height 4 30 bin4 4 11 -0.11 -0.05   2.3.3 永久F2群体的上位性QTL定位 由于上位性对性状的杂种优势具有重要的作用。同样利用遗传图谱和完备区间作图中的上位性作图法,对相关性状进行上位性QTL定位。定位到加性与加性互作(AA),加性与显性互作(AD),显性与加性互作(DA)以及显性与显性互作效应(DD)的QTL如下表所示:   Traits Parameter AA AD DA DD yield Average LOD 3.3 4.5 5 6.4 Average PVE 5.1 6.2 3.3 4.8 height Average LOD 30 4 3.9 5.6 Average PVE 6.1 6 5.5 5.9   2.4杂种优势QTL定位 2.4.1 中亲值以及QTL定位方法 永久F2群体中,F1个体的中亲值是根据F1个体本身的表现与双亲性状值计算出来的。中亲值=F1表型值-亲本中亲值。计算每个F1对应的中亲值,以中亲值为表型进行QTL定位,其QTL的效应是杂合子与双亲表现均值的差异。由于杂种优势QTL的特殊性,分别利用F2群体类型和RIL群体类型分别定位显性QTL。所用软件同上,在检测显性效应时同样也检测显性和显性互作QTL。 2.4.2 杂种优势QTL定位结果 杂种优势QTL是利用超中亲优势值作为表型值进行性状遗传位点检测得到的,其遗传效应不包括加性效应,全部由显性效应决定。杂种优势QTL定位结果如下表所示: Traits Chromosome Distance(cM) Marker LOD PVE(%) DOM yield 1 10 bin1 4 11 -0.11 height 2 20 bin2 5 15 0.11   2.5性状QTL和杂种优势QTL定位结果比较 将RIL,永久F2群体和中亲值数据QTL定位结果进行比较,解析特定性状的遗传基础与杂种优势遗传基础,并揭示二者的关系。理论上,RIL群体中定位到的QTL完全是有加性效应决定的,而中亲值数据组定位到的QTL完全是有显性效应决定的,而永久F2群体既有加性效应,又有显性效应,因此,永久F2群体,RIL群体和中亲值存在共定位的QTL。具体性状的结果如下图所示: 注:黑色折线表示检测位点的LOD值,红色和蓝色折线代表检测位点加性和显性效应值。 最后利用上述的比较结果综合评价不同性状的杂种优势机理和遗传基础。...