百迈客生信专用服务器可以提供从工作站到机架式服务器的各种硬件配置，且可以根据您的计算类型，合理配置CPU数目和内存大小，实现硬件资源的最优组合。
百迈客生信专用服务器系统的优势
1、硬件：根据用户的计算需求，我们可以提供从工作站到机架式服务器的各种硬件配置，且可以根据您的计算类型，合理配置CPU数目和内存大小，实现硬件资源的最优组合。
2、软件：在基础版中，根据用户需求我们安装了常用生信软件；进阶版中，我们将常用软件封装、串联成分析模块，通过单行命令即可完成很多常规分析内容，如基因表达量计算、突变检测、基因功能注释等，让用户开机即可开始生信数据的分析。
基础版最低配置方案
| 组成单元 | 配置内容 | 单位 | 数量 |
| 塔式服务器 | |||
| 塔式服务器
（16核，64G内存，16T存储） |
T640塔式服务器具体配置如下：
– 2个因特尔至强 银牌4110 CPU（8核/16线程, 2.1GHz, 9.6GT/s, 11MB Cache） – 4根16GB DDR4-2666MT/s服务器内存 – 2块600GB 10K SAS 12Gbps 2.5英寸硬盘 – 4块4T 7.2K 12Gbps 3.5英寸硬盘 – PERC H730P RAID控制器 2GB 缓存 – 2个10Gb 网口 – 2个750W服务器电源 – 3年4小时上门服务（7*24*4） |
台 | 1 |
| 显示器 | |||
| 显示器 | DELL U2417H 23.8英寸显示器 | 台 | 0 |
| 集群系统软件 | |||
| 操作系统 | CentOS Linux | 套 | 1 |
| 编译开发环境 | GNU C/C++编译器 | ||
| GNU Fortran77/90编译器 | |||
| GNU Debugger | |||
| 并行环境 | OpenMPI | ||
| 生物信息常用软件 | 20款生信软件部署，支持用户指定 | 套 | 1 |
| 生物信息常用数据库 | 10个免费数据库的下载及部署，支持用户指定 | 套 | 1 |
| 维护 | |||
| 1年维护服务 | 包括每年2次系统巡检，系统故障处理（工作日4小时响应） | 1 | |
| 总计 | |||
注：硬件价格变化快，以最终签订合同时为准
进阶版最低配置方案
| 组成单元 | 配置内容 | 单位 | 数量 |
| 塔式服务器 | |||
| 塔式服务器 （16核，64G内存，16T存储） |
T640塔式服务器 具体配置如下： – 2个因特尔至强 银牌4110 CPU（8核/16线程, 2.1GHz, 9.6GT/s, 11MB Cache） – 4根16GB DDR4-2666MT/s服务器内存 – 2块600GB 10K SAS 12Gbps 2.5英寸硬盘 – 4块4T 7.2K 12Gbps 3.5英寸硬盘 – PERC H730P RAID控制器 2GB 缓存 – 2个10Gb 网口 – 2个750W服务器电源 – 3年4小时上门服务（7*24*4） |
台 | 1 |
| 显示器 | |||
| 显示器 | DELL U2417H 23.8英寸显示器 | 台 | 0 |
| 集群系统软件 | |||
| 操作系统 | CentOS Linux | 套 | 1 |
| 编译开发环境 | GNU C/C++编译器 | ||
| GNU Fortran77/90编译器 | |||
| GNU Debugger | |||
| 并行环境 | OpenMPI | ||
| 生物信息常用软件及分析模块 | 转录调控工具包，26款；20款生信软件部署，支持用户指定 | 套 | 1 |
| 生物信息常用数据库 | 10个免费数据库的下载及部署，支持用户指定 | 套 | 1 |
| 维护 | |||
| 1年维护服务 | 包括每年2次系统巡检，系统故障处理（工作日4小时响应） | 1 | |
| 总计 | |||
注：硬件价格变化快，以最终签订合同时为准
可部署常用生信软件
| 软件类型 | 软件名称 |
| 基因组组装相关软件 |
abyss、ALLpath、Canu、dbg2olc、ECTools、falcon、HGAP、IDBA、intemap、Jabba、LoRDEC、MECAT 、PBSuite、pilon、Proovread、SOAPdenovo、Spades、trinity、velvet等 |
| 基因组分析相关 |
AUGUSTUS、Circos、CRT、DIAMOND、EVM、Exonerate、GeMoMa、genBlastA、GENSCAN、GLEAN 、GlimmerHMM、GMAP、infernal、islandpath_dimob、Kraken、MEGAN、metaAnnotator、metaphlan、 PASA、phispy、prodigal、prokka、RepeatMasker、TransDecoder、TransGeneScan、tRNAscan、tRNAscan-SE等 |
| 比较基因组软件 | Orthmcl、Muscle、PAML、phyml、MCScanX、nucmer、HGT_Finder、Mugsy、picrust等 |
| 注释相关软件 | blast2go、DIAMOND、InterProScan、kohgpi、Kraken、MEGAN、metaAnnotator、metaphlan等 |
| 比对软件 |
Blast、hmmer、blasr、bwa、daligner、Bowtie2、Blat、MECAT、genBlastA、bowtie2、GMAP、bwa 、tophat、hisat、bismark、ssearch36等 |
| 系统发育树软件 | MEGA、Phyml、RAxML、Exabayes、Mrbayes、figtree、splitstree、Phylip等 |
| 分化时间分析 | Paml、Beast2等 |
| 群体历史动态分析 | psmc、msmc等 |
| 基因流分析 | Treemix、ANGSD、G-PhoCS、Migrate-N等 |
| 高离散SNP筛选 | BayeScan、LFMM、bayenv2等 |
| 选择清除分析 | XP-CLR、XP-EHH、vcftools、PopGenome等 |
| LD分析 | Haploview、Plink等 |
| ka/ks分析 | Yn00、codeml等 |
| 分子方差分析 | Arlequin、poppr等 |
| 全基因组关联分析 | plink2、Haploview、Admixture、EIGENSOFT、tassel、emmax、Fast-LMM等 |
| QTL定位软件 | R/qtl、QTL Cartographer等 |
| 遗传图谱排图软件 | MSTmap、Onemap等 |
| 共表达分析 | WGCNA等 |
| 转录组组装 | trinity2.4.0、cufflinks、stringtie等 |
| 基因表达定量 | rsem、miRDeep2、stringtie、cufflinks等 |
| 基因表达差异分析 | DESeq、EBSeq、edgeR、MOABS等 |
| 富集分析 | topGO等 |
| 蛋白互作 | blast等 |
| 靶基因预测 | RNAhybrid、miranda、targetfinder、LncTar等 |
| 聚类去冗余 | cd-hit、tgicl等 |
| 转录因子预测 | iTAK等 |
| circRNA预测 | CIRI、find_circ、CIRCexplorer等 |
| lncRNA预测 | CPC、CNCI、CPAT等 |
| SNP分析 | star、GATK、Samtools等 |
| CDS预测、SSR分析 | transdecoder、MISA等 |
| APA分析 | TAPIS等 |
| 其它软件 |
fastx_toolkit、flash、HiC-Pro、LACHESIS、lefse、MCScanX、MEGA、mothur、python、qiime、 R、samtools、sortmerna、stamp、trimmomatic、uclust、usearch等 |
注：硬件价格变化快，以最终签订合同时为准
可部署生信分析模块
| 转录调控工具包 （26款） |
有参转录组分析流程 | 遗传进化工具包， （20款） |
全基因组重测序分析流程 | 基础工具包（22款） | Circos绘制 |
| lncRNA分类及对应基因注释 | 外显子分析流程 | 单因素曼哈顿图 | |||
| miRNA基因家族分类 | Annovar变异注释 | 绘制GO、KEGG分类富集图 | |||
| CPC编码能力预测 | BreakDancer SV检测 | 绘制差异基因MA图 | |||
| topGO基因功能注释 | CNVnator CNV检测 | 绘制差异基因火山图 | |||
| 差异表达基因分析 | GATK突变检测 | 聚类热图绘制 | |||
| 蛋白基因家族分类 | SNP位点引物设计 | BLAST | |||
| 共表达模式聚类分析 | 贝叶斯方法构建进化树 | SAM/BAM互换 | |||
| 基因功能注释 | 蛋白序列同源分析工具 | 短序列比对工具bwa | |||
| 加权基因共表达网络分析 | 分化时间计算 | 根据ID列表提取fasta序列 | |||
| 保守序列预测 | 关联区域分析 | 提取位点上下游定长序列 | |||
| 简单重复序列分析 | 混池群体Fst分析 | PCA分析 | |||
| 外显子与内含子预测工具 | 基于admixture进行群体结构分析 | 相关性分析 | |||
| 信号肽预测 | MEGA | FastQC | |||
| 转录因子注释工具 | 遗传共线性分析 | 数据预处理工具 | |||
| …… | …… | …… |
注：硬件价格变化快，以最终签订合同时为准
产品购买与部署
没有定制化开发，用户确定产品功能且硬件完成部署后，一个月内完成软件部署和测试，并交付使用
如有定制化开发需求，根据具体需求确定周期
