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标准化生信分析

分析平台集成了一系列生信分析软件,并将其无缝串联起来,形成一套标准化的分析流程,在标准分析中您可以根据研究需要自由定义各步骤的主要参数,如参考基因组、差异分组、差异基因筛选标准等。目前百迈客私有云包含了业内常用NGS分析流程,从原始数据开始,只需轻松几步,即可获得内容丰富的标准化分析报告,是传统科技服务模式的替代品。

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多样的个性化功能,助力数据二次挖掘!

个性化分析是在标准分析结果的基础上,进行更深入的二次挖掘,或者做一些更高级的分析,得到的结果可以直接用于文章发表;目前百迈客私有云包含丰富的个性化分析功能,可以覆盖用户大部分个性化分析需求。

个性化分析功能展示:参数设置
个性化分析功能展示:结果展示
个性化分析功能展示:图片交互
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个性化分析应用场景举例:基因筛选

筛选特定功能的基因、筛选差异分组中的基因、筛选组间共有和特有的基因

个性化分析应用场景举例:共表达分析

WGCNA分析、 k-means聚类

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个性化分析应用场景举例:蛋白互作网络分析、转录因子分析

分析平台列表

平台名称 类型 功能描述
真核有参转录组分析平台 RNA 基于已知的基因组序列和注释信息,以RNA-Seq测序数据作为输入,通过序列比对,进行基因表达定量、可变剪切、差异分析、功能注释与富集、转录本SNP分析等。
真核无参转录组分析平台 RNA RNA-Seq测序数据作为输入,从头(de novo)组装转录本,构建Unigene库,并对Unigene进行表达定量、差异分析、功能注释与富集、SSR鉴定、转录本SNP分析等。
RNA测序分析平台 RNA miRNA-Seq测序数据作为输入,分析内容包含:miRNA鉴定和预测、miRNA家族分析、miRNA表达定量和差异分析、样品相关性分析、靶基因预测及功能注释富集分析等。
长链非编码RNA测序分析平台 RNA 分析内容包含了真核有参转录组分析平台的所有分析内容,且包含其特有分析内容:lncRNA预测、lncRNA靶基因预测、靶基因差异分析等。
全转录组联合分析平台 RNA 以特定组织在某一时间所转录出的编码RNAmRNA)和非编码RNA(lncRNA, circRNA, miRNA)整体作为研究对象,分析内容包含:不同RNA表达量计算及全局展示、差异表达RNA全局展示、共表达分析、竞争性内源RNAceRNA)分析、关键基因通路整合分析等。
有参全长转录组(ONT)分析平台 RNA 该平台以Oxford Nanopore转录组测序数据作为输入,基于参考基因组序列进行分析,包含:数据质控、转录本结构分析(可变剪切、APA分析、CDS预测、转录因子预测等)、转录本和基因定量、差异分析、功能注释与富集分析、蛋白互作分析等。
蛋白质组分析平台 蛋白 结合高精度质谱仪分析的结果对蛋白质进行定量,分析内容包含:蛋白表达定量及差异分析、功能注释与富集分析、与mRNA进行联合分析等。
代谢组分析平台 代谢 基于色谱质谱等产生的数据,借助于统计学方法研究生物体内代谢物的变化状况,分析内容包含:代谢物定量及差异分析、OPLS-DA分析、与mRNA进行联合分析等。
微生物多样性分析平台 微生物 可以基于16S18SITS、多种功能基因(AOAnifHpmoA等)序列完成微生物多样性分析,分析内容包含:OUT聚类、物种注释、Alpha多样性分析、Beta多样性分析、组间差异显著性分析、多元统计分析、16S功能基因预测分析、CCA分析等。
宏基因组分析平台 微生物 NGS数据作为输入,数据质控后,基于测序reads进行宏基因组物种注释;将测序reads组装成contig序列;预测contig序列中的基因;对所有预测得到的基因去冗余,构建非冗余基因集;对非冗余基因基于多种数据库进行基因功能注释;基于宏基因组物种注释信息和基因功能信息进行差异分析、富集分析等统计比较。
全基因组重测序分析平台 DNA类 WGS数据作为输入,分析内容包含:序列比对、SNP/InDel检测、circos绘图、功能注释与富集、引物设计、PCA和进化树分析等。
全基因组关联分析平台 DNA类 以突变检测结果vcf文件作为输入,完成以下分析:群体结构、亲缘关系、候选基因功能注释、显著位点LD block分析、突变位点引物设计等。
外显子组测序分析平台 DNA类 可以完成全外显子组的突变挖掘,并基于dbSNP利用vqsr模型过滤假阳性突变位点,提高真实突变检出率,利用ANNOVAR完成1k GenomesdbSNPSIFTCOSMIC70ESP6500五大数据库的关联,同时完成了Polyphen2突变对蛋白功能影响评估。
ChIP-Seq分析平台 DNA类 染色质免共沉淀技术(Chromatin Immunoprecipitation AssayChIP)是一种研究蛋白质与生物体细胞中DNA 相互作用的经典方法,本平台以高通量测序数据作为输入,通过比对基因组进行Peak calling,并且可通过对Peak区域关联基因进行功能注释和富集分析预测其参与的生物学通路,是研究蛋白质和DNA相互作用的有力工具。
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