百迈客云 基因大数据挖掘平台

棉花研究套餐

立即咨询

可视化分析平台

无需编程、随想随做

五款RNA研究APP

五款DNA研究APP

标准化分析:可视化操作,参数自定义,无需编程即可做生信分析
个性化分析:深入解读,无需等待沟通结果,随想随做

100+分析工具

覆盖面全:数据处理、基因功能注释、绘图等功能一应俱全
灵活组合:小工具之间或与APP可灵活组合,适应特有分析流程

公共数据挖掘

探索数据背后的生物学价值

公共测序数据库:一键下载、整合分析

29000

G测序数据

2041

个样本数据

6233

篇研究相关文献

187

篇影响因子10分以上文献

78219条棉花基因功能信息

功能信息涵盖

公共数据分析思路

分析思路1

 

共表达分析中,整合大量相关公共样本测序数据,可构建出相较于常规样本量下可靠度更高的基因共表达网络,从而基于该网络进行更加准确的后续分析:a)预测目标转录因子的下游调控基因、目标调控网络中的关键转录因子;b)预测ncRNA与mRNA之间的靶向关系;c)基于网络中已知功能基因推测同网络中其他功能未知基因功能;d) 将每个共表达模块分别作为一个整体,计算其与各组织或各发育时间点之间的相关性,建立各组织相关或各时期相关基因表达网络……

支撑文献:

[1] Wisecaver JH et al. A Global Coexpression Network Approach for Connecting Genes to Specialized Metabolic Pathways in Plants. Plant Cell. 2017
[2] Yu C et al. Transcriptome dynamics of developing maize leaves and genomewide prediction of cis elements and their cognate transcription factors. Proc Natl Acad Sci . 2015

分析思路2

 

研究某一类基因的转录水平在不同处理下(或不同组织部位间、或不同发育时间点等)的变化规律,可整合多个类似研究中的公共测序数据来共同揭示该变化规律,使结果更加可靠。

支撑文献:

[1] Patil G. et al. Soybean (Glycine max) SWEET gene family: insights through comparative genomics, transcriptome profiling and whole genome re-sequence analysis. BMC Genomics. 2015

[2] Matthijs M et al.Profiling of the Early Nitrogen Stress Response in the Diatom Phaeodactylum tricornutum Reveals a Novel Family of RING-Domain Transcription Factors. Plant Physiol. 2016

其他分析思路

 

1. 整合同一物种公共测序数据,构建物种完备转录本序列参考集,用于后续功能分析。

支撑文献:

Iyer MK et al. The landscape of long noncoding RNAs in the human transcriptome. Nat Genet. 2015
2. mRNA-ncRNA联合分析中,利用公共数据补充其中一种类型的RNA测序数据。

支撑文献:

Liu X et al. MicroRNA-mRNA regulatory networking fine-tunes the porcine muscle fiber type, muscular mitochondrial respiratory and metabolic enzyme activities. BMC Genomics. 2016

生信科研学习平台

助力提升科研效率
生物信息分析课程

研究思路解读和培训

资深专家讲座

  • 标准版

    • 2万元/年
    • 1000G数据包

      (折合20元/G)

    • 有参转录组分析平台、小RNA测序分析平台
    • 42款分析工具
      (7款基础、20款生信、
      15款转录调控工具)
    • 分析平台和工具支持的棉花公共测序数据

      3900G

    • 78000条

      条棉花基因功能信息

    • 8核CPU,32GB内存,1个节点
      1000G独享存储,500G共享存储
    • 线上100+教学培训

  • 专业版

    • 6万元/年
    • 3000G数据包

      (折合20元/G)

    • 有参转录组分析平台、小RNA测序分析平台、重测序分析平台、LncRNA测序分析平台
    • 104款分析工具
      (7款基础、20款生信、15款转录调控、29款基因组、12款绘图、15款群体、6款非编码RNA工具
    • 分析平台和工具支持的棉花公共测序数据

      23000G

    • 78000条

      条棉花米基因功能信息

    • 8核CPU,32GB内存,4个节点16核CPU,96GB内存,1个节点
      3000G独享存储,500G共享存储
    • 线上100+教学培训