全基因组关联分析解析玉米籽粒中油分合成的遗传结构
Genome-wide association study dissects the genetic architecture of oil biosynthesis in maize kernels.
- PMID：23242369
- 杂志：Nature genetics
- 影响因子：29.352
研究背景：
玉米籽粒油是一种重要的营养资源。玉米是我国第一大粮食作物。油分是玉米籽粒最重要的营养成分之一，其能量密度和价值显著高于淀粉。普通玉米中油分含量一般为4%，经过人工不断选育后的高油玉米材料油分含量可达到20%。但目前在全基因水平上，高油玉米形成的遗传基础尚不明确。
研究目的：
在全基因组RNA水平上对玉米籽粒油分的遗传基础进行了深入解析。
材料方法：
实验材料：
包括高油玉米在内的368份玉米自交系。
测序方法：
Illumina HiSeq，PE 90，25X。
技术路线：
实验结果：
1.使用RNA-sequencing方法平均每个样品获得了73.8±0.7 百万reads，产生了2,445.9 Gb的高质量测序原始数据。总共获得了103万高质量的, SNPs 和 28,769 基因，覆盖了约70% 玉米基因组预测基因。SNP的密度大约是每54bp出现一个，每个基因大约有40.3个SNP。总体的LD衰减迅速，在368个玉米自交系中达到了500bp（r2 = 0.1）。
图1 玉米籽粒油分关联结果的曼哈顿图和QQ图