解决方案概述   针对植物基因组学研究,百迈客云可通过BMKCloud_数据库模块向用户提供海量的植物高通量测序公共数据,借助公共数据,可大幅降低研究成本,提升研究层次。数据检索、下载、保存均在图形化界面下完成,避免了传统模式中,须在命令行界面下进行数据下载、格式转换等一系列繁琐操作的限制,完全适用于国内生信0基础的用户。 对于公共数据的下游分析,百迈客云目前已实现公共数据模块与分析模块的无缝对接,用户可直接将已保存至用户目录的数据直接导入BMKCloud_APP分析模块进行下游分析,该模块同样采用图形化操作界面,无需用户掌握任何编程基础,高度集成化专业化的分析流程可保证用户快速完成对数据的基础分析以及必要的数据深度挖掘。   BMKCloud_数据库目前收录数据9PB,覆盖约1100个属,常见作物数据收录情况见下图:   整合公共数据库中棉属RNA-seq数据,进行转录本重构(有参)并鉴定其中lncRNA,用于后续的棉纤维发育相关lncRNA分析   BMKCloud_数据库收录的棉花数据所涉及研究方向:   发育调控类:玉米产量 叶发育 根发育 胚乳发育 胚芽发育 花药发育 子房发育 组织发育 光合作用 杂种优势...

解决方案概述   针对植物基因组学研究,百迈客云可通过BMKCloud_数据库模块向用户提供海量的植物高通量测序公共数据,借助公共数据,可大幅降低研究成本,提升研究层次。数据检索、下载、保存均在图形化界面下完成,避免了传统模式中,须在命令行界面下进行数据下载、格式转换等一系列繁琐操作的限制,完全适用于国内生信0基础的用户。 对于公共数据的下游分析,百迈客云目前已实现公共数据模块与分析模块的无缝对接,用户可直接将已保存至用户目录的数据直接导入BMKCloud_APP分析模块进行下游分析,该模块同样采用图形化操作界面,无需用户掌握任何编程基础,高度集成化专业化的分析流程可保证用户快速完成对数据的基础分析以及必要的数据深度挖掘。   BMKCloud_数据库目前收录数据9PB,覆盖约1100个属,常见作物数据收录情况见下图:   BMKCloud_数据库收录的玉米数据所涉及研究方向:   发育调控类:产量 粒形 花发育 种子发育 叶发育 水稻铁含量 雄性不育 基因组印记 杂种优势...

阅读原文 中文摘要: 在非洲爪蟾的卵母细胞时期,卵母细胞积累了早期胚胎发育的母体材料。由于卵母细胞的转录活性在完全生长阶段沉默,全基因组转录只在中胚层胚胎期才被重新激活,卵母细胞生长期积累的母体mRNA的翻译应该被准确调节。以前的研究结果表明poly(A)尾长度和RNA结合元件介导卵母细胞中的RNA翻译调节,最近发现RNA甲基化存在于各个翻译调节系统中。本研究对完全生长的生殖囊泡(GV)阶段和中期II(MII)期卵母细胞中的N6-甲基腺苷(m6A)修饰的mRNA进行测序。结果,在GV期或MII期卵母细胞中鉴定了具有m6A峰的4,207个mRNA。接着将mRNA甲基化数据与转录组和蛋白组数据结合分析,结果表明,尽管在RNA表达水平没有显著性差异,但是高甲基化的mRNA对应的蛋白质表达水平显著低于低甲基化mRNA的蛋白表达水平,同时还发现低甲基化的mRNA主要富集在细胞周期和翻译途径,而高甲基化的mRNA主要与蛋白磷酸化有关。本文的研究结果表明卵母细胞中的mRNA甲基化可以调节卵母细胞减数分裂成熟和早期胚胎发育过程中的细胞分化和细胞分裂。 本文用了百迈客云平台BLAST比对小工具。 英文摘要: During the oogenesis of Xenopus laevis, oocytes accumulate maternal materials for early embryo development. As the transcription activity of oocyte is silenced at the fully-grown stage and the global genome is reactivated only by the mid- blastula embryo stage, the translation of maternal mRNAs accumulated...

阅读原文 摘要: 合浦珠母贝是在中国普遍养殖的海洋珍珠贝,为了培养珍珠,需要将供体珍珠牡蛎的地幔片用细胞核移植到受体中,而这个移植的幔片可能会被受体贝珍珠贝的免疫系统所拦截,从而降低移植成功率,然而,现在关于珍珠贝对同种异体移植的免疫防御报道很少。在本研究中,对同种异体移植后0小时和48小时的珍珠贝的血细胞免疫反应进行了转录组分析。测序得到92.5M的clean reads,与合浦珠母贝的参考基因组进行了比对,为了鉴定所有与免疫相关的差异表达基因,本研究进行了GO注释和KEGG通路分析。与0小时相比,在移植后48个小时的样本中总共有798个差异表达基因(410个上调基因,388个下调基因),其中血细胞中白细胞介素受体和toll-like受体的表达水平显着升高,表明移植诱导了珍珠贝的免疫应答反应。最后,本研究对其中的18个随机选取的免疫相关的差异表达基因进行了qRT-PCR验证。本文的研究结果为进一步分析同种异体移植的免疫排斥提供了依据。 本文主要用了百迈客云平台主流程。 英文摘要: The pearl oyster Pinctada fucata is commonly cultured for marine pearls in China. To culture pearls, a mantle piece from a donor pearl oyster is grafted with a nucleus into a receptor. This transplanted mantle piece may be rejected by the immune system of...

阅读原文 摘要: 一个完整和硬化的内果皮是核果的典型特征。 然而,“Liehe”(LE)杏品种具有薄,软,可切割的内皮,其厚度和木质素含量分别占“金西红”(JG)杏(具有正常硬化内果皮)的60.39%和63.76%。为了了解LE杏表型背后的分子机制,本研究使用Illumina HiSeq TM 2500对Prunus armeniaca L.进行比较转录组测序。 本研究中鉴定出了63,170条unigenes(15,469条unigene的长度大于1,000 bp),25,356条unigenes得到了功能注释。利用通路富集及表达模式分析来分析差异表达基因,在LE杏中编码苯丙素生物合成参与的关键酶的差异表达基因显著下调,例如,在盛花期后15,21,30,49天中,编码肉桂醇脱氢酶的CAD基因表达水平在LE杏中仅为JG品种的1.3%,0.7%,0.2%和2.7%。此外,确定了调节次级壁和木质素生物合成的转录因子,特别是对于二级壁增厚因子1(NST 1),其在盛花期后15天和21天,LE杏中的表达水平分别仅为JG品种的2.8%和9.3%。 本研究中的比较转录组可以用于了解LE杏中内切皮表型的分子机制,这种新的杏基因组资源和候选基因为进一步研究杏内果皮发育期间的木质素提供了有用的参考。转录因子(如NST1)可调节参与苯丙素途径的基因,影响内皮的发育和木质化。 本文主流程和k-means均值聚类都用了百迈客云平台。 英文摘要: Background: A complete and hardened endocarp is a typical trait of drupe fruits. However, the ‘Liehe’ (LE) apricot cultivar has a thin, soft, cleavable endocarp that represents 60.39% and 63.76% of the thickness and lignin content, respectively, of the...

阅读原文 摘要: 长非编码RNA(lncRNA)调节脂肪形成和其他与代谢组织发育和功能相关的过程。然而,关于鸡中前脂肪细胞分化期间lncRNAs的功能和特征却知道的很少,本文使用RNA测序分析不同分化阶段的前脂肪细胞中的lncRNA和mRNA表达。从12个样本总共获得了1,300,074,528 clean reads和27,023个新的LncRNA,在各个阶段差异表达的基因(1,336个lncRNA和1,759个mRNA;总共3,095个)的数量随着细胞分化而下降。这些差异基因参与前脂肪细胞分化的几个广泛研究的途径,包括甘油脂代谢,哺乳动物中雷帕霉素的靶标,过氧化物酶体增殖物激活受体和丝裂原活化蛋白激酶信号通路,而在本研究中,首次报道了一些与前脂肪细胞分化相关的通路,包括丙酸代谢,脂肪酸代谢和氧化磷酸化途径。此外,通过k-means均值聚类,3,095个差异基因被聚成8个表达模式。其中,K2这一簇基因中在前脂肪细胞分化中起着重要作用,使用加权共表达网络分析(WGCNA),鉴定了与A0(第0天),A2(第2天)和A6(第6天)阶段相关的6个阶段特异性模块,随后从阶段特异性模块鉴定了9个中心,高度相关的基因,包括:XLOC_068731, XLOC_022661, XLOC_045161, LOC_070302, CHD6, LLGL1, NEURL1B, KLHL38, 和ACTR6。本研究为进一步研究鸡的lncRNA提供了宝贵的资源,有利于更好的了解鸡的前脂肪细胞分化。 本文主要用了云平台中的WGCNA和k-means均值聚类。 英文摘要: Long noncoding RNAs (lncRNAs) regulate adipogenesis and other processes associated with metabolic tissue development and function. However, little is known about the function and profile of lncRNAs during preadipocyte differentiation in the chicken (Gallus gallus). Herein,...

阅读原文 摘要: MicroRNA是内源性非编码小RNA,在植物中起着关键的调节作用。茶是一种风靡全球的非酒精饮料,具有丰富的促进健康的儿茶素。在本研究中,通过高通量测序鉴定出了调节644个靶基因的69个保守的和47个新的小RNA。小RNA预测的靶基因主要与植物的生长、信号转导、形态发生和防御有关。为了进一步鉴定小RNA的靶基因,本研究同时开展了降解组测序与RLM-RACE。使用降解组测序,26个基因主要涉及转录因子,抗性蛋白和信号转导蛋白质合成被鉴定为潜在的miRNA靶标基因,随后验证了其中5个基因。qRT-PCR结果显示:novel-miR1, novel-miR2,csn-miR160a, csn-miR162a, csn-miR394 和 csn-miR396a与儿茶素含量负相关。6个miRNA(csn-miRNA167a,csn-miR2593e,csn-miR4380a,csn-miR3444b,csn-miR5251和csn-miR7777-5p.1)及其与儿茶素生物合成相关的靶基因的表达也通过qRT-PCR进行了分析;这些miRNA和儿茶素含量之间呈正相关和负相关,而在其目标基因和儿茶素含量之间呈正相关。这个结果表明这些miRNA可能通过下调它们来负调节儿茶素生物合成生物合成相关靶基因。综上:本文的研究结果表明,miRNA是茶叶中关键的调节因子,5'-RLM-RACE和表达分析的结果揭示了miRNAs在儿茶素合成代谢中的重要作用。 英文摘要: MicroRNAs are endogenous non-coding small RNAs playing crucial regulatory roles in plants. Tea, a globally popular non-alcoholic drink, is rich in health-enhancing catechins. In this study, 69 conserved and 47 novel miRNAs targeting 644 genes were identified by high- throughout...

蛋白质变性理论,“黑纸白字”写在生物化学教科书中(沈同,王镜岩):天然蛋白质分子因环境的种种关系,从有秩序而紧密的构造,变为无秩序而松散的构造,这就是变性作用。该理论是上世纪30年代提出的,曾经被认为是很接近诺贝尔奖的重量级贡献。一般来说,蛋白质变性后,细胞内特异的分子伴侣蛋白—热休克蛋白负责降解、清除这些“失去功能”的蛋白质,然后将这些“元 件”重新投入使用。事实果真如此吗? Cell Cell文章告诉你:高温变性的内源蛋白质能够在热休克蛋白帮助下“复活” 芝加哥大学的分子生物学家Allan Drummond及其同事以酵母为材料进行研究【1】。首先让酵母细胞通过代谢途径摄入同位素,从而标记胞内蛋白质。然后让酵母处于高温环境中(但不至于杀死酵母),紧接着快速冷冻细胞,获取胞内蛋白质的实时图像,同时用质谱方式鉴定所有蛋白质(包括因为高温造成的变性蛋白质)。 质谱共鉴定了982个酵母蛋白,其中有177个蛋白质变性后在细胞质和细胞核中聚集沉淀。意外的是,当酵母从高温环境中离开后,细胞恢复活力,这些已经“变性”聚集的胞内蛋白也表现出可逆状态:无序的蛋白结构重新组装恢复原状。这和以往的认识存在巨大的冲突:内源蛋白质变性沉淀之后又恢复正常结构。更为神奇的是,当温度恢复正常后,酵母细胞会再次生长,但是没有发现有大量的新蛋白生成,这就意味着复性后的蛋白质具备正常生物功能。 以往的经验告诉我们,高温会导致大多数蛋白质变性失活,从而被热休克蛋白讲解清除。而《Cell》的这份研究却证实变性的内源蛋白,在特异的热休克蛋白帮助下能够复性,某种意义上讲,这一科研发现将是对传统认知的颠覆。 Science Science文章告诉你:稳定还是不稳定,细胞很会算账的! 瑞士苏黎世联邦理工学院享誉全球,号称“欧陆第一名校”,尤其在蛋白质组学研究领域。近期,由Paola Picotti领导的一项研究发现,只有一小部分的关键蛋白质在达到一个临界温度阈值时会发生同时变性【2】。本研究中,他们分析比对了四种生物,大肠杆菌、人类细胞,酵母细胞和耐热细菌嗜热链球菌(T. thermophilus)在不同温度下的蛋白质组。在每次温度增加后,研究人员都会检测细胞的蛋白质组并确定它们的结构特征。最终研究人员总共分析了8,000种蛋白质。 研究发现,一旦温度超出物种特异性最佳值几度,虽然少数(1%左右)蛋白质发生了崩解,但对细胞产生了致命的影响,因为这小部分蛋白具有重要的功能。但是,这个重要的现象,即只有少数蛋白质在细菌死亡的温度下发生了崩解,却和之前关于生物体大多数蛋白质在临界温度下同时变性这一理论发生了冲突。 对这种现象的解释是,这些不稳定的蛋白质其灵活性更高,可以在细胞中完成不同任务。而对于大多数蛋白质来说,还是稳定一些好。因为如果这些常见蛋白质发生逆转,发生错误折叠,那么细胞就不得不投入大量的能量来进行重构与处理,因此细胞中大部分的蛋白质还是要比稀少蛋白更为稳定。 看点 参 考 文 献 1. Wallace EW, Kear-Scott JL, Pilipenko EV, Schwartz MH, Laskowski PR, Rojek AE, Katanski CD, Riback JA, Dion MF, Franks AM, Airoldi EM, Pan T, Budnik BA, Drummond DA. Reversible, Specific, Active Aggregates of Endogenous Proteins Assemble upon Heat Stress. Cell. 2015, 162(6):1286-98. 2.Leuenberger P, Ganscha S, Kahraman A, Cappelletti V, Boersema PJ, von Mering C, Claassen M, Picotti P. Cell-wide analysis of protein thermal unfolding reveals determinants of thermostability. Science. 2017, 355(6327).     抽奖赠书活动! 点击填写问卷,参与抽奖赠好书《生命的未来》!...