2017初夏，百迈客云助力国自然青年基金科学家，整合利用公共数据，定制化数据挖掘，实现个性化分析，攀登科学高峰！ 补贴4万元，原6万元套餐账号，青年基金专享价2万元 补贴2万元，原3万元套餐账号，青年基金专享价1万元 活动参与资格： 国自然青年基金科学家 因报名火热，活动顺延一月，至2017年7月31日前签订合同 名额：全国限150个名额，先到先得 （所有参加活动客户均免费赠送培训班（培训安排另行通知）） 立即报名 温馨提示：参加活动，您可点击链接直接报名或联系所在地的百迈客区域销售经理 注：最终活动解释权归北京百迈客云科技有限公司所有...
生物信息和科技服务行业正在经历从1.0时代向2.0时代的变迁。在这个变迁的浪潮下，生物科研工作者，科技服务从业人员都面临着哪些挑战和机遇？从业十五年的百迈客CEO郑洪坤认为：云模式，才是打开基因科技服务2.0时代的正确方式。 基因科技服务1.0时代：测序数据少，分析以标准分析为主且主要由服务公司完成 我很有幸一入行就进入了生物信息行业，到现在算起来也有15年了。这些年见证了生物信息和科技服务行业的发展。科技服务在一代测序时代就存在，爆发式发展是从二代测序开始之后，随着二代测序进入市场，测序价格大幅下降，二代测序被更多的科研工作者应用。科技服务的模式的初期，由于测序数据少，科学家们选择一些有特点的物种、品种或者性状进行测序，数据稍加分析就可以得到让科研工作者为之兴奋的结果，科研的创新度较高，发文章的概率也高，因此大大激发了科研人员用测序技术做研究的热情。这个测序数据较少，分析要求不高且分析工作单纯的由服务公司来做的阶段可以定义为“科技服务1.0时代”。 基因科技服务2.0时代：PB级公共数据、云端可视化自主分析的基因大数据挖掘时代 随着技术的不断发展，测序成本越来越低，数据也越测越多，已经提交到NCBI SRA数据库的数据就已经达到12P以上。特别是人、水稻、小鼠、玉米、猪、牛、大豆等一些重要物种数据积累的数量巨大，而且持续保持着高速增长。其中蕴含的巨大价值也开始引起广大科研工作者的兴趣，同时科技服务1.0模式中的数据挖掘程度已经不能满足科研的需求，科学家对数据做更深入挖掘的需求越来越高，需要更多探索性的、个性化的分析，以从众多同质化的科研项目中脱颖而出。 图1.公共数据逐年增长情况 图2.Top10公共数据分类（单位：Tbases） 数据分析要求变高，对科技服务类公司无疑是个大的挑战。首先，对科研数据的深入挖掘往往涉及到更深层次的科学问题，个性化程度极强，这就要求生物信息人员不但要掌握生信专业知识和技能，还有相对丰富的生物学知识，才能真正理解科学家的需求，对服务人员的要求大大提高；其次，由于科研工作本身探索的就是未知领域，存在相当的不确定性，数据分析的结果不一定和科学家最初的科研设计一致，会导致科学家对服务公司的满意度不高。因此科研工作者开始不断的换公司进行尝试，随着小公司的不断涌现，稂莠不齐，科技服务市场也越来越混乱。数据分析同质化严重，数据深入挖掘程度不足，沟通效率低，分析成本高等开始制约科技服务行业的发展。因此必须通过变革，用一种新的更高效的模式来逐步优化现有的科技服务模式。 因此很多人都想到搭建生物云平台，在云端放上需要的软件，放上需要的数据，让科研工作者可以自己去分析，可以根据自己的需求去做深入数据挖掘，提高科研效率。有不少公司开发了生物云平台，但是能被科研工作者所广泛应用却不是一个容易的事情。 适合生物科研工作者的云平台必需具备以下四点要求：首先，需要对客户数据分析需求有深入的了解，这就需要有非常丰富的的分析经验，并且可以在现有科技服务模式上不断提炼客户新的需求；其次，要保障所用软件数据准确性，就需要丰富的实践经验，需要有多年、成千上万项目的积累；再次，要让生物信息开发和IT开发“两手抓，两手都要硬”，即要保证云计算底层架构是符合基因大数据研究的需要，也要保障生物信息软件符合IT开发的高要求，可视化并简单易用的；最后，要有符合当前客户特点的培训体系，让客户能快速上手操作，在平台上能够很容易找到实现自己需求的分析工具和数据。 如此“高配”的要求，正是导致之前开发的一些云平台不能为科研工作者所用的真正原因。这些平台，要么里面只有标准化流程，客户想要解决的深入挖掘问题不能实现，要么只是各种软件叠加上去，客户看着无从下手；又或者只是在云计算的底层做了大量开发，而应用层开发不到位，导致客户根本不会用。 “百迈客云”使以上问题得到破解。百迈客多年的科技服务经验中提炼出的客户需求，数以万计的项目分析经验保证了分析的准确性，生物信息人才和计算机人才团队的紧密合作，多年生物信息培训班等知识传播经验为百迈客云平台的开发和应用提供了有力的保障。从而使云平台能够更好的满足客户数据深入挖掘的需求，能够在科研工作者中广泛推广和轻松使用。这种模式让我们的研究人员有更多的精力去把握科学技术前沿发展，设计科研的思路，不用担心生物信息和IT的技术问题，真正实现了我们一直以来希望的客户通过云平台自己做分析，相比科技服务1.0模式是一个颠覆性的变革，“授人以鱼不如授人以渔”，这种可以让生物学家在云端对自有数据结合PB级公共数据自主进行可视化、交互式基因大数据挖掘的科技服务模式我把它定义为“科技服务 2.0 时代”。 百迈客云，让每个课题组都轻松具备生信分析能力，引领基因科技服务2.0时代 图3.基因科技服务2.0时代 百迈客云提供了“云服务”和“云账号”两种模式。 “云服务”是测序分析的项目以“云服务”的模式开展，所有的项目数据都会推送到云上，标准分析都由技术人员完成，项目相关的数据深入挖掘和个性化分析部分由技术人员带领客户在云上进行，客户也可以自主在云端进行数据分析，简单来说就是数据分析科研人员想自己做就自己做，不想自己做就交给公司做，这种模式能够解决服务公司售后个性化分析期限的问题，科研人员可以在云上进行分析，直到文章的发表；“云账号”主要针对做过或熟悉高通量测序，手里有一些没有完全挖掘的数据，还想充分利用公用数据的用户，经过简单的培训后，就可以在云平台上自主分析数据，多种分析软件都可以使用，深入挖掘自己以前的所有项目数据，也可以利用NCBI等公共数据进行挖掘研究，课题组的多个成员可以同时开展多个项目，提高研究的效率。 科技服务2.0时代对科研工作者是一个新的机遇。对于科研经费相对充足的科学家，自己往往做较多的测序项目，以云模式进行分析能节省大量的分析经费，提高经费的使用效率，产出更多科研成果。对于科研经费相对不太充裕的科学家，可以通过充分利用公共数据进行科学研究，节省了不必要的测序费用，用云模式同样可以产出丰硕的科研成果。 百迈客云从2013年开始开发，经过小伙伴们2年多的开发和内部外部测试，以每周一个新版本的迭代速度于2015年正式迈入市场，成为针对更多生命科学家的“Turn-key BioCloud”，2016年开始全国推广。百迈客云得到了像中国科学院院士陈润生院士、中科院基因组所于军研究员、北京大学罗静初教授等中国生物信息领域的权威专家的大力支持和帮助。百迈客云日臻完善，可以开放的让科研工作者来体验和使用，目前已经有上万科研用户注册使用，开启了云端自主数据深入挖掘的新时代。得到广大科研用户的肯定是对我们最大的鼓励，百迈客“云模式”将持续迭代开发，继续引领科技服务2.0时代，更好的服务于科研工作者，加速科研创新，“成就客户”是我们服务的理念，让每一个课题组都具备生物信息分析能力，让每一位科学家能从百迈客云模式中受益。 立即体验...
解决方案概述 针对动物基因组学研究，百迈客云可通过BMKCloud_数据库模块向用户提供海量的动物高通量测序公共数据，借助公共数据，可大幅降低研究成本，提升研究层次。数据检索、下载、保存均在图形化界面下完成，避免了传统模式中，须在命令行界面下进行数据下载、格式转换等一系列繁琐操作的限制，完全适用于国内生信0基础的用户。 对于公共数据的下游分析，百迈客云目前已实现公共数据模块与分析模块的无缝对接，用户可直接将已保存至用户目录的数据直接导入BMKCloud_APP分析模块进行下游分析，该模块同样采用图形化操作界面，无需用户掌握任何编程基础，高度集成化专业化的分析流程可保证用户快速完成对数据的基础分析以及必要的数据深度挖掘。 整合mRNA公共测序数据，构建猪肉品质相关miRNA-mRNA调控网络 方案实现过程 1）进入BMKCloud_数据库模块进行数据检索与保存。 2）进入BMKCloud_APP模块，简单5步完成公共数据or自测数据导入及任务投递。 3）分析结果自动生成，继续使用个性化分析模快速完成数据深度挖掘。 BMKCloud_数据库收录的猪属数据所涉及研究方向： 疾病类研究：猪多系统衰竭综合征、猪生殖呼吸道综合征、支气管哮喘、猪伪狂犬病、猪弓形虫病、全反式维甲酸&抗病、猪圆环病毒感染、鼠伤寒沙门菌感染、口蹄疫病毒感染、猪巨细胞病毒感染、脊髓损伤...
解决方案概述 针对动物基因组学研究，百迈客云可通过BMKCloud_数据库模块向用户提供海量的动物高通量测序公共数据，借助公共数据，可大幅降低研究成本，提升研究层次。数据检索、下载、保存均在图形化界面下完成，避免了传统模式中，须在命令行界面下进行数据下载、格式转换等一系列繁琐操作的限制，完全适用于国内生信0基础的用户。 对于公共数据的下游分析，百迈客云目前已实现公共数据模块与分析模块的无缝对接，用户可直接将已保存至用户目录的数据直接导入BMKCloud_APP分析模块进行下游分析，该模块同样采用图形化操作界面，无需用户掌握任何编程基础，高度集成化专业化的分析流程可保证用户快速完成对数据的基础分析以及必要的数据深度挖掘。 整合mRNA公共测序数据，构建猪肉品质相关miRNA-mRNA调控网络 方案实现过程 1）进入BMKCloud_数据库模块进行数据检索与保存。 2）进入BMKCloud_APP模块，简单5步完成公共数据or自测数据导入及任务投递。 3）分析结果自动生成，继续使用个性化分析模快速完成数据深度挖掘。 BMKCloud_数据库收录的牛属数据所涉及研究方向： 疾病类研究：膀胱癌 、牛副结核病、牛病毒性腹泻、牛圆环病毒感染、牛支原体感染、牛疱疹病毒感染、裂谷热病毒感染、大肠杆菌感染、结核分枝杆菌感染、多形腺瘤基因（PLAG）功能研究、繁殖力低下...
解决方案概述 针对植物基因组学研究，百迈客云可通过BMKCloud_数据库模块向用户提供海量的植物高通量测序公共数据，借助公共数据，可大幅降低研究成本，提升研究层次。数据检索、下载、保存均在图形化界面下完成，避免了传统模式中，须在命令行界面下进行数据下载、格式转换等一系列繁琐操作的限制，完全适用于国内生信0基础的用户。 对于公共数据的下游分析，百迈客云目前已实现公共数据模块与分析模块的无缝对接，用户可直接将已保存至用户目录的数据直接导入BMKCloud_APP分析模块进行下游分析，该模块同样采用图形化操作界面，无需用户掌握任何编程基础，高度集成化专业化的分析流程可保证用户快速完成对数据的基础分析以及必要的数据深度挖掘。 BMKCloud_数据库目前收录数据9PB，覆盖约1100个属，常见作物数据收录情况见下图： 整个多个大豆RNA-seq公共数据，分析SWEET基因家族在大豆生殖组织与营养组织间表达变化规律 BMKCloud_数据库收录的大豆数据所涉及研究方向： 发育调控类：产量 蛋白含量 油含量 叶发育 花发育 根发育 种子发育...
解决方案概述 针对植物基因组学研究，百迈客云可通过BMKCloud_数据库模块向用户提供海量的植物高通量测序公共数据，借助公共数据，可大幅降低研究成本，提升研究层次。数据检索、下载、保存均在图形化界面下完成，避免了传统模式中，须在命令行界面下进行数据下载、格式转换等一系列繁琐操作的限制，完全适用于国内生信0基础的用户。 对于公共数据的下游分析，百迈客云目前已实现公共数据模块与分析模块的无缝对接，用户可直接将已保存至用户目录的数据直接导入BMKCloud_APP分析模块进行下游分析，该模块同样采用图形化操作界面，无需用户掌握任何编程基础，高度集成化专业化的分析流程可保证用户快速完成对数据的基础分析以及必要的数据深度挖掘。 BMKCloud_数据库目前收录数据9PB，覆盖约1100个属，常见作物数据收录情况见下图： 整合公共数据库中棉属RNA-seq数据，进行转录本重构（有参）并鉴定其中lncRNA，用于后续的棉纤维发育相关lncRNA分析 BMKCloud_数据库收录的棉花数据所涉及研究方向： 发育调控类：玉米产量 叶发育 根发育 胚乳发育 胚芽发育 花药发育 子房发育 组织发育 光合作用 杂种优势...
解决方案概述 针对植物基因组学研究，百迈客云可通过BMKCloud_数据库模块向用户提供海量的植物高通量测序公共数据，借助公共数据，可大幅降低研究成本，提升研究层次。数据检索、下载、保存均在图形化界面下完成，避免了传统模式中，须在命令行界面下进行数据下载、格式转换等一系列繁琐操作的限制，完全适用于国内生信0基础的用户。 对于公共数据的下游分析，百迈客云目前已实现公共数据模块与分析模块的无缝对接，用户可直接将已保存至用户目录的数据直接导入BMKCloud_APP分析模块进行下游分析，该模块同样采用图形化操作界面，无需用户掌握任何编程基础，高度集成化专业化的分析流程可保证用户快速完成对数据的基础分析以及必要的数据深度挖掘。 BMKCloud_数据库目前收录数据9PB，覆盖约1100个属，常见作物数据收录情况见下图： BMKCloud_数据库收录的玉米数据所涉及研究方向： 发育调控类：产量 粒形 花发育 种子发育 叶发育 水稻铁含量 雄性不育 基因组印记 杂种优势...
阅读原文 中文摘要： 在非洲爪蟾的卵母细胞时期，卵母细胞积累了早期胚胎发育的母体材料。由于卵母细胞的转录活性在完全生长阶段沉默，全基因组转录只在中胚层胚胎期才被重新激活，卵母细胞生长期积累的母体mRNA的翻译应该被准确调节。以前的研究结果表明poly（A）尾长度和RNA结合元件介导卵母细胞中的RNA翻译调节，最近发现RNA甲基化存在于各个翻译调节系统中。本研究对完全生长的生殖囊泡（GV）阶段和中期II（MII）期卵母细胞中的N6-甲基腺苷（m6A）修饰的mRNA进行测序。结果，在GV期或MII期卵母细胞中鉴定了具有m6A峰的4,207个mRNA。接着将mRNA甲基化数据与转录组和蛋白组数据结合分析，结果表明，尽管在RNA表达水平没有显著性差异，但是高甲基化的mRNA对应的蛋白质表达水平显著低于低甲基化mRNA的蛋白表达水平，同时还发现低甲基化的mRNA主要富集在细胞周期和翻译途径，而高甲基化的mRNA主要与蛋白磷酸化有关。本文的研究结果表明卵母细胞中的mRNA甲基化可以调节卵母细胞减数分裂成熟和早期胚胎发育过程中的细胞分化和细胞分裂。 本文用了百迈客云平台BLAST比对小工具。 英文摘要： During the oogenesis of Xenopus laevis, oocytes accumulate maternal materials for early embryo development. As the transcription activity of oocyte is silenced at the fully-grown stage and the global genome is reactivated only by the mid- blastula embryo stage, the translation of maternal mRNAs accumulated...
阅读原文 摘要： 合浦珠母贝是在中国普遍养殖的海洋珍珠贝，为了培养珍珠，需要将供体珍珠牡蛎的地幔片用细胞核移植到受体中，而这个移植的幔片可能会被受体贝珍珠贝的免疫系统所拦截，从而降低移植成功率，然而，现在关于珍珠贝对同种异体移植的免疫防御报道很少。在本研究中，对同种异体移植后0小时和48小时的珍珠贝的血细胞免疫反应进行了转录组分析。测序得到92.5M的clean reads，与合浦珠母贝的参考基因组进行了比对，为了鉴定所有与免疫相关的差异表达基因，本研究进行了GO注释和KEGG通路分析。与0小时相比，在移植后48个小时的样本中总共有798个差异表达基因（410个上调基因，388个下调基因），其中血细胞中白细胞介素受体和toll-like受体的表达水平显着升高，表明移植诱导了珍珠贝的免疫应答反应。最后，本研究对其中的18个随机选取的免疫相关的差异表达基因进行了qRT-PCR验证。本文的研究结果为进一步分析同种异体移植的免疫排斥提供了依据。 本文主要用了百迈客云平台主流程。 英文摘要： The pearl oyster Pinctada fucata is commonly cultured for marine pearls in China. To culture pearls, a mantle piece from a donor pearl oyster is grafted with a nucleus into a receptor. This transplanted mantle piece may be rejected by the immune system of...
阅读原文 摘要： 一个完整和硬化的内果皮是核果的典型特征。 然而，“Liehe”（LE）杏品种具有薄，软，可切割的内皮，其厚度和木质素含量分别占“金西红”（JG）杏（具有正常硬化内果皮）的60.39％和63.76％。为了了解LE杏表型背后的分子机制，本研究使用Illumina HiSeq TM 2500对Prunus armeniaca L.进行比较转录组测序。 本研究中鉴定出了63,170条unigenes（15,469条unigene的长度大于1,000 bp），25,356条unigenes得到了功能注释。利用通路富集及表达模式分析来分析差异表达基因，在LE杏中编码苯丙素生物合成参与的关键酶的差异表达基因显著下调，例如，在盛花期后15，21，30，49天中，编码肉桂醇脱氢酶的CAD基因表达水平在LE杏中仅为JG品种的1.3％，0.7％，0.2％和2.7％。此外，确定了调节次级壁和木质素生物合成的转录因子，特别是对于二级壁增厚因子1（NST 1），其在盛花期后15天和21天，LE杏中的表达水平分别仅为JG品种的2.8％和9.3％。 本研究中的比较转录组可以用于了解LE杏中内切皮表型的分子机制，这种新的杏基因组资源和候选基因为进一步研究杏内果皮发育期间的木质素提供了有用的参考。转录因子（如NST1）可调节参与苯丙素途径的基因，影响内皮的发育和木质化。 本文主流程和k-means均值聚类都用了百迈客云平台。 英文摘要： Background: A complete and hardened endocarp is a typical trait of drupe fruits. However, the ‘Liehe’ (LE) apricot cultivar has a thin, soft, cleavable endocarp that represents 60.39% and 63.76% of the thickness and lignin content, respectively, of the...