06月06 植物研究百迈客云解决方案-BMKCloud_数据库收录的玉米数据所涉及研究方向：
解决方案概述
针对植物基因组学研究，百迈客云可通过BMKCloud_数据库模块向用户提供海量的植物高通量测序公共数据，借助公共数据，可大幅降低研究成本，提升研究层次。数据检索、下载、保存均在图形化界面下完成，避免了传统模式中，须在命令行界面下进行数据下载、格式转换等一系列繁琐操作的限制，完全适用于国内生信0基础的用户。
对于公共数据的下游分析，百迈客云目前已实现公共数据模块与分析模块的无缝对接，用户可直接将已保存至用户目录的数据直接导入BMKCloud_APP分析模块进行下游分析，该模块同样采用图形化操作界面，无需用户掌握任何编程基础，高度集成化专业化的分析流程可保证用户快速完成对数据的基础分析以及必要的数据深度挖掘。
BMKCloud_数据库目前收录数据9PB，覆盖约1100个属，常见作物数据收录情况见下图：
BMKCloud_数据库收录的玉米数据所涉及研究方向：
发育调控类：产量 粒形 花发育 种子发育 叶发育 水稻铁含量 雄性不育 基因组印记 杂种优势……
非生物胁迫类：氨基胁迫 钾离子胁迫 铜离子胁迫 铝离子胁迫 磷离子胁迫 钙离子胁迫 盐胁迫 氮胁迫 干旱胁迫 热胁迫……
生物胁迫/免疫互作类：水稻条叶枯病毒侵染 稻瘟病侵染 水稻纹枯病菌侵染 水稻条斑病细菌侵染 白叶枯菌胁迫……
其他：ncRNA鉴定 可变聚腺苷酸化事件鉴定 基因组组装 标记开发 品种鉴定……
文章思路
YU C et al. Transcriptome dynamics of developing maize leaves and genomewide prediction of cis elements and their cognate transcription factors. Proc Natl Acad Sci . 2015
1. 数据准备
1）玉米种子吸胀阶段0-72h公共数据SRA数据库项目编号： PRJNA179196
2）进入BMKCloud公共数据模块进行检索
3）检索结果
4）数据保存至BMKCloud用户目录
2. 转录组数据基础分析
1）进入BMKCloud APP界面选择有参转录组分析平台
2）导入数据
3）选择参考基因组
4）选择差异表达分析阈值设定实验对照分组
5 ）任务提交
3. 基础分析结果
1）数据质控
2）基因结构分析
3）基因转录水平定量
4）差异表达基因检测
5）差异表达基因功能分析
注：文章对两个类差异表达基因进行了功能分析，一类为在相邻时间点差异表达基因，另一类为每个时间点与吸胀0小时（干燥种子）的差异表达基因
4.1 个性化分析–玉米吸胀阶段0-192h子叶中转录因子鉴定
4.2 个性化分析–WGCNA共表达分析，对玉米子叶发育过程中的表达基因进行表达模式聚类
4.3 个性化分析–结合转录因子分析结果，鉴定WGCNA聚类得到的各个模块中的转录因子
4.4 个性化分析–各WGCNA模块中玉米转录因子的结合位点（TFBS）预测
1）使用BMKCloud小工具 motif_discovery 预测处于同一WGCNA模块且注释到同一GOterm下的基因集的motif序列
2）使用TRANSFAC、JASPAR、AthaMap等在线网站预测可与上述motif序列结合的转录因子
3）使用部署于BMKCloud的BLAST小工具，比对上述得到的转录因子序列与玉米转录因子序列，从而预测出各WGCNA模块中存在的TF-TFBS
5. 凝胶迁移率实验（EMSA）验证生信预测得到的TF-TFBS
