代谢组主流程任务投递说明

一、登录百迈客云平台

下载谷歌浏览器,输入网址https://international.biocloud.net/zh/user/login ,进入百迈客云平台登录界面,输入账号密码登录。账号为手机号或者是邮箱,初始密码为123.bmk.

二、选择合适的分析平台

百迈客云包含农学和医学两大类分析平台,医学分析平台主要针对人、鼠数据的分析,包含:转录组、非编码RNA、单基因病外显子、肿瘤外显子、重测序等数据分析,以及全转录组联合分析;农学分析平台可以应用到更多的物种,涵盖转录组、非编码RNA、微生物、蛋白、代谢等数据的分析,以及全转录组联合分析等。点击左侧导航分析->农学或者医学打开分析平台列表页面,点击选择您想要使用的分析平台,打开其详细介绍页面,该页面可以看到该平台的应用领域“平台介绍“技术背景“案例“课堂“版本记录,点击打开软件即可进入到参数页面。

 

三、创建项目名称

为了方便数据、任务和报告的管理,我们将同属于一个项目的内容会放到一个项目中,因此进行基本分析时需要先选择一个项目,如果没有项目也可以点击+新建先创建一个项目,见下图。

 

 

四、选择输入文件

代谢定量文件:针对鉴定到的代谢物进行定量的结果表格。制表符分隔的文本文件,第一列为代谢物ID,其他列为样品的表达量。对格式不清楚的可点击查看示例下载示例文件。(百迈客项目的结果文件会直接推送到客户账号下,文件夹名称为合同编号,可直接导入使用)

 

五、综合选项

  1. 流程版本:选择最新的版本(目前为0)
  2. Kegg注释物种分类:点击下拉框选择KEGG注释所用的物种类别
  3. 报告名称:可以自定义方便区分的报告名称,可以使用默认名称
  4. 物种名称:支持自定义物种名称,与后期生成的任务名称相关联
  5. 标准化方式:表示不使用归一化,总峰面积归一化表示每个样本中的每个代谢物除以该样本总的峰面积,内标则是每个代谢物除以内标代谢物的峰面积且默认内标的代谢物定性名称为IS,内标不参与后续的分析。(LC推荐使用总峰面积,GC推荐使用内标)

六、差异分组设置

根据实验方案设计以及样品信息,进行分组的设置,流程据此进行差异比较分析,此处只支持两组间比较,可添加多个差异分组。

  1. 推荐阈值选择:(1)差异倍数阈值1、T检验p值0.05、VIP值1 (2)差异倍数阈值2、T检验p值1、VIP值1

(其中vip值采用了正交偏最小二乘法判别分析(OPLS-DA),该分析会给每个代谢物一个变量投影重要度VIP值,值越大说明代谢物的差异越显著)

  1. 分组设置:有几组生物学重复就在左侧的分组池中添加相应数量的分组,再从右侧的样品池中选样本加入相应的分组中,1个样本只能属于一个分组且一个分组的样本数目不少于2个。(这里需要修改分组名称,分析完成后不可修改)
  2. 差异分组设置:根据实验方案设计以及样品信息,进行分组的设置,流程据此进行差异比较分析,此处只支持两组间比较,可添加多个差异分组。(此处的参数和差异分组在后期报告个性化中可再次进行修改)

 

七、生成标准分析报告

参数设置完成之后,可以点击保存参数,方便之后进行重新分析或者基于本次参数进行修改后再次分析;一切准备就绪后,点击提交将任务提交到百迈客云计算集群上,根据不同分析平台、不同数据量等待大概2小时到3周的时间完成项目分析,获取到标准分析报告。

报告查看,点击项目(管理) -> 我的项目打开项目列表,找到之前提交任务时选择的项目,点击项目名称打开该项目,即可看到新生成的分析报告记录,点击报告名称查看详细报告。

点击报告右上角的项目结果下载,可以选择下载HTML报告、PDF报告和结果数据(尾款结清后)。HTML报告只包括分析报告的html文件及一个src文件夹,展示了部分结果;PDF报告是根据HTML报告转换而来,方便您进行报告打印;结果数据包含了项目中所有结果文件,一般比较大,会通过FTP进行下载,请耐心等待下载。