01月08 这是一个神奇的网站……(上)
今天小编带大家看一看百迈客云物种数据库的核心功能模块。
百迈客云物种数据库采用模块化设计，标准功能模块主要有三大类
1.存储&查询模块
存储&查询模块设置了种质资源、突变体信息、性状座位信息、分子标记、基因功能信息、基因组数据、转录组数据的存储和查询模块
01物种种质资源存储&查询模块
种质资源是一种遗传资源。种质系指农作物亲代传递给子代的遗传物质，它往往存在于特定品种之中。如古老的地方品种、新培育的推广品种、重要的遗传材料以及野生近缘植物，都属于种质资源的范围。用户可在该模块中按照物种的名称、编号、父母本、省份、地理位置、表型查询相关材料品种概况。
02物种突变体信息存储&查询模块
用户在该模块通过突变体名称或表型检索相关突变体，搜索结果可展示出突变体名称、编号、突变基因信息等。其中，点击突变基因可链接至“基因查询模块”查询基因功能、序列、基因组位置等详细信息。
03物种性状座位信息存储&查询模块
在该模块用户通过输入表型数据查询该性状控制座位在基因组上的定位结果，该结果整合自不同研究不同定位方法定位结果，并可视化展示相应性状座位对于于最新版本基因组上的位置及相关基因。其中，相关基因也可链接至“基因查询模块”查询基因功能、序列、基因组位置等详细信息。
04分子标记存储&查询模块
用户可按照精确编号、模糊编号（正则匹配）、或连锁性状搜索分子标记，搜索结果含有标记序列信息、标记扩增引物序列、标记上下游基因（可链接至“基因查询模块”）、标记相关性状等。
05基因功能信息存储&查询模块
在该模块中，用户可以基因名称、基因ID、功能关键词、物种基因组起始位置、转录本序列、是否定位、是否克隆为条件检索目标基因，检索结果包括基因转录本序列（核苷酸or氨基酸序列）、染色体、起止位置、各功能数据库注释结果、相关文献、相关性状（可链接至“物种性状座位信息存储&查询模块”）。
06基因组数据存储&查询模块
1）使用基因组版本号检索相关基因组信息，检索结果包括该基因组序列组装、结构注释、功能注释、测序数据等，所有结果均支持本地下载；
2）可按照物种名检索相关泛基因组信息，检索结果包括各品种基因组序列组装、结构注释、功能注释、变异位点、测序数据等，所有结果均支持本地下载；
3）按品种名检索该品种全基因组重测序、简化基因组重测序测序数据及变异位点检测结果。
07物种转录组数据存储&查询模块
1）用户可通过基因ID与基因name检索相关基因下转录本序列、项目中的转录水平、差异表达、共表达、互作信息等，检索结果支持本地下载。
2）按项目名称检索相关转录组学项目测序数据及完整分析结果，检索结果支持本地下载。
2.分析工具模块
分析工具均可从网页调用，无需用户掌握任何编程基础。包含数据库自带分析工具，比如 blast、blat、引物设计、转录因子、metaQTL等；当然也可调用部署在百迈客公有云计算平台（www.biocloud.net）的分析流程（APP）与生信软件（Tools。APP包括有参/无参转录组分析APP、lncRNA分析APP、microRNA分析APP、circleRNA分析APP、重测序分析APP、GWAS个性化分析APP、BSA个性化分析APP、遗传图谱个性化分析APP、微生多样性分析APP等；Tools模块包含100余款各类生信分析软件，涵盖比对、注释、绘图、统计等；
BMKCloud个性化分析示例
3.公共数据库模块
包含7大模块：
01高通量测序数据库
• 该公共数据库模块同步NCBI维护的SRA、GEO两大高通量测序数据库，目前该模块12PBase，1100个属的高通量测序数据，数据类型涵盖RNA-seq、全基因组重测序、WES、基因组denovo组装、甲基化、ChIP-seq等。
• 用户可按物种名称、数据编号、研究方向检索相关高通量测序公共数据，检索结果无需下载，一键导入数据库自带分析工具或百迈客公有云计算平台（www.biocloud.net）分析工具即可进行数据分析。
02功能基因数据库
该公共数据库模块整合包括GO、KEGG、miRbase、lncRNAdb、MiRTarBase、UniProt、genbank等在内的30多个基因功能&序列类数据库，目前收录了约1700万条基因相关信息，用户输入基因名称、ID、功能关键词后，一键即可获取基因的功能、序列、同源基因、表达、相关ncRNA、变异、相关文献等信息。
03功能定位数据库
该数据库收录了所有公共的性状相关数据，目前已收录11个物种347个性状相关的QTL位点数据，如QTL、eQTL、候选基因、关联数据等信息，QTL性状位置可视化展示以及物种间的比较，为各个物种间定位信息的比较提供重要的数据。
04文献数据库
该公共数据库模块同步NCBI维护的PubMed文献索引数据库，目前收录2600万+文献信息，该模块支持按照发表日期、影响因子、文章类型、信息完整度（有无测序数据、有无全文等）进行精确检索，检索结果包括文献题目、摘要、全文链接、文献所涉及测序数据等。
05其他公共数据库模块
• 参考基因组数据库：包含有826个物种的924套参考基因组信息；
• 变异数据库：整合了dbSNP库中的数据信息，目前收录了8亿+变异数据，支持通过rs、ss号进行信息的检索，并且支持筛选特定物种的、特定染色体、特定区域的变异信息；
• 互作网络数据库：整合了PPI、StarBase、LncRNADisease三个数据库中的4类互作网络信息，目前共收录了306万互作网络关系，包含了lncRNA、miRNA、mRNA、circRNA四类数据。
