这是一个神奇的网站……(下)

今天小编要给大家分享的是一个神奇的网站。

随着测序成本越来越低,一些重要物种数据呈指数级积累,其中蕴含着巨大价值。物种数据研究能为解答基因组进化学、系统发育学问题提供参考,有利于指导育种工作及保护物种多样性。因此构建物种数据库具有重要意义:

01物种数据库可作为系统性的展示、查询、分析的平台:实现物种多组学数据的高效检索、保存、调用、分析及深度挖掘。

02一些具备创新特性的数据库也可单独作为一项研究成果在SCI论文中进行展示。

03通过共享云用户的访问,可提升第三方数据库的知名度,部分重要物种信息、重要分析结果可以收费下载,为进一步维护数据库和科研工作提供资金

04共享研究成果,促进业内交流:数据库可作为研究论文的补充,展示研究细节,也便于其他研究者基于数据库的数据进行进一步的探索,从而提升国内相关领域整体研究水平。

 

1.百迈客云物种数据库概述

百迈客作为一家拥有深厚基因组学数据分析行业背景的大数据挖掘分析公司,致力于为用户设计更贴合使用习惯的基因组学数据库系统,在2017年正式推出搭建百迈客云物种数据库的服务。

简单来说,百迈客云物种数据库是针对物种基因组学数据的存储、管理、查询、分析的数据库系统。用户基于Web操作界面即可实现数据的增删改查等操作,还可以利用数据库部署的简单分析工具或结合百迈客云账号进行数据挖掘分析。

说了那么多是不是有些心动了呢?

跟随小编一起看下百迈客云物种数据库核心优势有哪些。

2.百迈客云物种数据库优势

多维度部署:多组学数据(转录组、基因组、重测序数据)高度整合与部署

快捷部署:模块化的数据库底层设计,可基于需求抽取底层库标准化数据存储检索模块及页面样式模块,快速完成在本地服务器或百迈客云数据库用户服务集群上的部署

操作更简单:后台管理权限,甲方无需配备专业IT运维和美工,在乙方培训后,即可完成后期的数据增加、删除等更新操作

查询调用更高效:代替原始的硬盘存储+手动查找的传统数据管理模式,引入互联网领域的数据库技术,可将各时间点、各空间点、各类型数据结构化地存储于统一的数据库框架中,借助数据库自动查询语言与web2.0网页界面即可实现基因组学数据的高效查询和调用。避免了传统数据管理模式下数据丢失率高及检索困难等问题

数据挖掘更轻松:强大的云平台支持,可连接百迈客云其他数据库(八大数据库,如功能基因库、参考文献数据库等),并可使用百迈客云分析工具(如几十款分析APP、一百多款小工具),基于APP和小工具完成数据的深度挖掘

 

3.百迈客共建数据库的成功案例

那么我们看下百迈客有哪些成功案例吧!

中国农科院大豆数据库(www.soybean-resources.cn)
包含了约1500种大豆种质资源,382个品种的重测序,7套泛基因数据。

 

 

中科院植物所构树数据库(papyrifera.biocloud.net)
包含了构树基因组序列及注释信息,可进行数据的浏览、使用、下载。

4.数据库搭建流程

01需求论证(2~4周)

用户设定模块组合及各模块对外权限,可选择部署到本地服务器或托管于百迈客云数据库专用集群;
乙方完成原型设计,并与甲方确认后核算搭建成本并报价,乙方核算报价,甲方支付20%的预付款。

02开发(3个月)

基于数据库原型,制定出数据标准化格式、文本需求信息,协助用户数据准备工作;
依次完成UI设计、前端架构、后端完成底层数据的存储与页面相关交付;进行测试验收。

03交付

双方共同完成测试后,甲方需在验收合格10个工作日内支付80%尾款,乙方交付数据库并协助甲方进行日常维护更新。

04日常维护与更新

每日巡检,检查机房用电、温湿度,服务器硬件报警及维修;
服务器操作系统状态监控与报警、日常维护、操作系统及软件版本更新;
服务器生产服务与软件的状态监控与报警、版本更新;
数据库服务状态监控与报警,数据定期检查与备份;
甲方在乙方协助下自主完成增删改等操作。