蛋白主流程任务投递说明

一、登录百迈客云平台

下载谷歌浏览器,输入网址https://international.biocloud.net/zh/user/login ,进入百迈客云平台登录界面,输入账号密码登录。账号为手机号或者是邮箱,初始密码为123.bmk.

二、选择合适的分析平台

百迈客云包含农学和医学两大类分析平台,医学分析平台主要针对人、鼠数据的分析,包含:转录组、非编码RNA、单基因病外显子、肿瘤外显子、重测序等数据分析,以及全转录组联合分析;农学分析平台可以应用到更多的物种,涵盖转录组、非编码RNA、微生物、蛋白、代谢等数据的分析,以及全转录组联合分析等。点击左侧导航分析->农学或者医学打开分析平台列表页面,点击选择您想要使用的分析平台,打开其详细介绍页面,该页面可以看到该平台的应用领域“平台介绍“技术背景“案例“课堂“版本记录,点击打开软件即可进入到参数页面。

 

 

三、创建项目名称

为了方便数据、任务和报告的管理,我们将同属于一个项目的内容会放到一个项目中,因此进行基本分析时需要先选择一个项目,如果没有项目也可以点击+新建先创建一个项目,见下图。

 

四、选择输入文件

  1. 蛋白鉴定表格:蛋白质质谱鉴定的结果表格。制表符分隔的文本文件,第一列为蛋白ID,其他列为样品的表达量。对格式不清楚的可点击查看示例下载示例文件。(百迈客项目的结果文件会直接推送到客户账号下,文件夹名称为合同编号,可直接导入使用)
  2. 蛋白数据库:蛋白质质谱鉴定所用的数据库。不同数据库得到的蛋白ID格式不同。这里给出了常用的uniport数据库和转录组数据库。如果需要和转录组联合分析,建议使用转录组数据库,并且可以输入转录组的注释信息文件,百迈客的转录组项目会自动生成此文件,也可以下载示例查看具体的格式)。

五、综合选项

  1. 流程版本:选择最新的版本(目前为0)
  2. Kegg注释物种分类:点击下拉框选择KEGG注释所用的物种类别
  3. 报告名称:可以自定义方便区分的报告名称,可以使用默认名称
  4. 物种名称:支持自定义物种名称,与后期生成的任务名称相关联
  5. 标准化方式::不进行标准化;总峰面积:表示每个样本中的每个蛋白除以该样本总的峰面积;加和方法:先计算单个样本所有蛋白的sum值, 再用sum值除以几个样本sum值中最大的,得到偏差系数,最后用蛋白/样本的偏差系数得到标准化后的值。此处iTRAQ项目数据已经进行过归一化,可以选择否,lable-free项目推荐总峰面积

 

六、差异分组设置

根据实验方案设计以及样品信息,进行分组的设置,流程据此进行差异比较分析,此处只支持两组间比较,可添加多个差异分组。

  1. pvalue值一般推荐选择0.01,差异倍数阈值一般推荐选择2.(此处设置的的参数和差异分组在后期报告个性化中可再次进行修改)
  2. 分组设置:有几组生物学重复就在左侧的分组池中添加相应数量的分组,再从右侧的样品池中选样本加入相应的分组中,1个样本只能属于一个分组且一个分组的样本数目不少于2个(这里需要修改分组名称,分析完成后不可修改)
  3. 差异分组设置

根据实验方案设计以及样品信息,进行分组的设置,流程据此进行差异比较分析,此处只支持两组间比较,可添加多个差异分组。(此处的参数和差异分组在后期报告个性化中可再次进行修改)

 

 

七、生成标准分析报告

参数设置完成之后,可以点击保存参数,方便之后进行重新分析或者基于本次参数进行修改后再次分析;一切准备就绪后,点击提交将任务提交到百迈客云计算集群上,根据不同分析平台、不同数据量等待大概2小时到3周的时间完成项目分析,获取到标准分析报告。

报告查看,点击项目(管理) -> 我的项目打开项目列表,找到之前提交任务时选择的项目,点击项目名称打开该项目,即可看到新生成的分析报告记录,点击报告名称查看详细报告。

点击报告右上角的项目结果下载,可以选择下载HTML报告、PDF报告和结果数据(尾款结清后)。HTML报告只包括分析报告的html文件及一个src文件夹,展示了部分结果;PDF报告是根据HTML报告转换而来,方便您进行报告打印;结果数据包含了项目中所有结果文件,一般比较大,会通过FTP进行下载,请耐心等待下载。