全转录组主流程任务投递说明

一、登录百迈客云平台

下载谷歌浏览器,输入网址https://international.biocloud.net/zh/user/login ,进入百迈客云平台登录界面,输入账号密码登录。账号为手机号或者是邮箱,初始密码为123.bmk.

 

二、选择合适的分析平台

百迈客云包含农学和医学两大类分析平台,医学分析平台主要针对人、鼠数据的分析,包含:转录组、非编码RNA、单基因病外显子、肿瘤外显子、重测序等数据分析,以及全转录组联合分析;农学分析平台可以应用到更多的物种,涵盖转录组、非编码RNA、微生物、蛋白、代谢等数据的分析,以及全转录组联合分析等。点击左侧导航分析->农学或者医学打开分析平台列表页面,点击选择您想要使用的分析平台,打开其详细介绍页面,该页面可以看到该平台的应用领域“平台介绍“技术背景“案例“课堂“版本记录,点击打开软件即可进入到参数页面。

 

三、创建项目名称

为了方便数据、任务和报告的管理,我们将同属于一个项目的内容会放到一个项目中,因此进行基本分析时需要先选择一个项目,如果没有项目也可以点击+新建先创建一个项目,见下图。

 

四、数据导入

针对FASTQ测序数据,选择文件夹批量导入,双端测序数据必须分别以_1.fq和_2.fq结尾,系统便会自动对数据进行配对,而且多个目录中的文件可以分多次导入进来一起进行分析。(在本公司进行测序的数据会自动推送到您的账户下,数据所在文件夹名称为合同编号)

导入数据之后,可以根据自己的需要修改样品ID,由于此处设置的ID会体现在分析报告和分析结果中,因此请慎重考虑后再设置,分析完成后不可再次修改。如果平台上还没有您自己的数据,请参考数据上传先将您的数据传到云平台上。

!注:1.各组学导入数据样本个数要一致

    2.circRNA数据选择去核糖体建库则与lncRNA共用一套数据,无需单独导入(百迈客建库方法为去核糖体建库);选择去线性建库则需要单独导入数据

 

 

五、选择样本对应关系

为了方便后面的联合分析内容,需要将各RNA项目里的数据按照对应关系统一编号,有几组对应关系则在左侧添加几组,再从右侧的lncRNA样品池和miRNA样品池中选择对应的样本添加到分组。其中默认按钮可以按照数字的顺序快速添加对应关系。

 

 

六、选择参考基因组

对于依赖参考基因组序列进行分析的平台,一定要选择和分析数据对应的参考物种及组装版本,不同版本的参考基因组的详细信息可以点击基因组版本详情进行查看。如果云上没有您需要的参考基因组,您可以联系对应的运营将您提供的基因组文件部署到云平台上,供您使用。(注:一个项目只能使用一个版本的参考基因组进行分析)

 

 

七、参数设置

  1. 流程版本号可以选择默认的最新版本

Lib_type为窗体顶端

  1. Lib_type :lncRNA建库方式,fr-firststrand表示测序数据中,reads2方向与转录本方向一致;fr-unstranded为非链特异性建库;fr-secondstrand 表示read1方向与转录本方向一致(百迈客lncRNA的建库方式为fr-firststrand)
  2. lncRNA分析中反式靶基因预测方法: 样本少的时候可以选择基于序列方法,样本数较多(大于5)推荐使用基于共表达分析方法。
  3. miRNA的长度范围和接头序列可根据实际情况进行填写,主要是为了过滤原始数据中的街头,默认参数为百迈客使用的序列
  4. circRNA预测软件:给出三种预测方法,CIRI和find_circ是两个不同的预测软件,可以分别选择其中一个软件进行预测,CIRI+find_circ是将两个软件预测的结果取交集作为最终的结果,(此选项可能会导致预测结果偏少)

八、差异分组设置

根据实验方案设计以及样品信息,进行分组的设置,流程据此进行差异比较分析,此处只支持两组间比较,可添加多个差异分组。

DEseq2软件适用于有生物学重复的项目,edgeR适用于无生物学重复的项目,选择第一个,系统会自动识别项目类型选择对应的软件

  1. FDR值一般推荐选择0.01,差异倍数阈值一般推荐选择2.(此处设置的的参数和差异分组在后期报告个性化中可再次进行修改)

 

九、联合分析参数

  1. 构建共表达网络的筛选条件为共表达相关性阈值和共表达相关性分析中显著性阈值两个参数,其中共表达相关性阈值越大,显著性阈值越小,则条件越严格。
  2. 构建ceRNA网络的关系对的筛选条件为ceRNA超几何检验fdr值、ceRNA超几何检验p值、ceRNA共享的miRNA数目三个参数,其中fdr值和P值越小,共享miRNA数目越大则筛选条件越严格。
  3. 图中参数为推荐参数

 

十、生成标准分析报告

参数设置完成之后,可以点击保存参数,方便之后进行重新分析或者基于本次参数进行修改后再次分析;一切准备就绪后,点击提交将任务提交到百迈客云计算集群上,根据不同分析平台、不同数据量等待大概2小时到3周的时间完成项目分析,获取到标准分析报告。

报告查看,点击项目(管理) -> 我的项目打开项目列表,找到之前提交任务时选择的项目,点击项目名称打开该项目,即可看到新生成的分析报告记录,点击报告名称查看详细报告。

点击报告右上角的项目结果下载,可以选择下载HTML报告、PDF报告和结果数据(尾款结清后)。HTML报告只包括分析报告的html文件及一个src文件夹,展示了部分结果;PDF报告是根据HTML报告转换而来,方便您进行报告打印;结果数据包含了项目中所有结果文件,一般比较大,会通过FTP进行下载