08月28 真核转录组主流程任务投递说明
一、登录百迈客云平台
下载谷歌浏览器，输入网址https://international.biocloud.net/zh/user/login ，进入百迈客云平台登录界面，输入账号密码登录。账号为手机号或者是邮箱，初始密码为123.bmk.
二、选择合适的分析平台
百迈客云包含农学和医学两大类分析平台，医学分析平台主要针对人、鼠数据的分析，包含：转录组、非编码RNA、单基因病外显子、肿瘤外显子、重测序等数据分析，以及全转录组联合分析；农学分析平台可以应用到更多的物种，涵盖转录组、非编码RNA、微生物、蛋白、代谢等数据的分析，以及全转录组联合分析等。点击左侧导航分析->农学或者医学打开分析平台列表页面，点击选择您想要使用的分析平台，打开其详细介绍页面，该页面可以看到该平台的应用领域“平台介绍“技术背景“案例“课堂“版本记录，点击打开软件即可进入到参数页面。
三、创建项目名称
为了方便数据、任务和报告的管理，我们将同属于一个项目的内容会放到一个项目中，因此进行基本分析时需要先选择一个项目，如果没有项目也可以点击+新建先创建一个项目，见下图。
四、数据导入
针对FASTQ测序数据，选择文件夹批量导入，双端测序数据必须分别以_1.fq和_2.fq结尾，系统便会自动对数据进行配对，而且多个目录中的文件可以分多次导入进来一起进行分析。（在本公司进行测序的数据会自动推送到您的账户下，数据所在文件夹名称为合同编号）
导入数据之后，可以根据自己的需要修改样品ID，由于此处设置的ID会体现在分析报告和分析结果中，因此请慎重考虑后再设置，分析完成后不可再次修改。如果平台上还没有您自己的数据，请参考数据上传先将您的数据传到云平台上。
四、基本参数设置
一般在这里选择生信流程版本、设置报告名称等基本参数，如果对于参数设置没有特殊要求，推荐使用默认参数。
五、选择参考基因组（有参）
对于依赖参考基因组序列进行分析的平台，一定要选择和分析数据对应的参考物种及组装版本，不同版本的参考基因组的详细信息可以点击基因组版本详情进行查看。（一个项目只能使用一个版本的参考基因组进行分析）
六、基因功能注释（无参）
- 组装方式：
转录组组装方式决定了后续Unigenes库的构建和表达定量的策略以及分析结果的可靠性.根据实际情况选择转录组组装方式。分开组装是对每个样品数据单 独组装；合并组装是将所有样品放在一起组装；分组组装适合于不同品种（或者是变异种）的组装，将相同品种的样品合并组装，然后将每组的组装结果 进行合并去冗余。合并组装获得的Unigene库更完整、冗余度更低,因此Trinity官方亦推荐使用合并组装，以便进行后续的表达定量和差异表达分析.
- 注释物种
为了提高注释分析的效率(缩短比对比对时间)以及获得有效的注释信息,在选择注释物种时,应尽量选择包含物种最确切的数据库.（如果分析物种为真菌类，一定要选择真菌选项，否则会影响组装效果）
七、差异分组设置
根据实验方案设计以及样品信息，进行分组的设置，流程据此进行差异比较分析，此处只支持两组间比较，可添加多个差异分组。FDR值一般推荐选择0.01，差异倍数阈值一般推荐选择（此处的参数和差异分组在后期报告个性化中可再次进行修改）
八、生成标准分析报告
参数设置完成之后，可以点击保存参数，方便之后进行重新分析或者基于本次参数进行修改后再次分析；一切准备就绪后，点击提交将任务提交到百迈客云计算集群上，根据不同分析平台、不同数据量等待大概2小时到3周的时间完成项目分析，获取到标准分析报告。
报告查看，点击项目（管理） -> 我的项目打开项目列表，找到之前提交任务时选择的项目，点击项目名称打开该项目，即可看到新生成的分析报告记录，点击报告名称查看详细报告。
点击报告右上角的项目结果下载，可以选择下载HTML报告、PDF报告和结果数据（尾款结清后）。HTML报告只包括分析报告的html文件及一个src文件夹，展示了部分结果；PDF报告是根据HTML报告转换而来，方便您进行报告打印；结果数据包含了项目中所有结果文件，一般比较大，会通过FTP进行下载，请耐心等待下载。
