篇篇捷报至,累累硕果繁——百迈客云平台,您的生信分析智囊团

百迈客云作为针对生命科学家的“Turn-key BioCloud”,2015年初出茅庐,2016年开始全国推广,一路走来得到了像中科院陈润生院士等生信领域权威专家的大力支持和帮助。百迈客云日臻完善,集成式的计算资源和工具、交互性的操作界面、开放性的公共数据库、实用的培训讲堂、专业的开发支持团队、一站式体验模式,成为广大科研工作者生信分析智囊团,极大地加速了科研创新孵化进程,仅2017年一年内基于BMKCloud分析发表的SCI可谓是层出不穷,捷报频传。

研究热点揭秘

截止到11月3日,已发SCI数达到19篇,研究对象涵盖了粮食作物、经济作物、人、家禽家畜、水产、林木、花卉、瓜果等类型。植物类占比52.63%,动物类占比42.11%,医学类占比5.26%。发表的杂志有Archives of Toxicology(IF=5.905)、Frontiers in Plant Science(IF=4.298)、Scientific Reports (IF=4.259)等。累计影响因子为65.3。

云平台对这些文章都做了详尽梳理解析,点击即可查看:

OsbZIP46、SAPK6基因共同过表达提升水稻抗旱能力Frontiers in Plant Science IF:4.298

通过转录组分析揭示马杜霉素在原代鸡心肌细胞中的毒性Archives of Toxicology  IF:5.905 

小麦与禾谷胞囊线虫在侵染初始阶段的转录组响应 Scientific Reports IF:4.259

芜菁花芽转录组比较分析解析多倍体异常减数分裂过程Frontiers in Plant Science IF:4.298

单侧眼组织缺损和视网膜裂症的家族遗传原因Sci Rep .IF:4.259

图1 2017年基于BMKCloud分析发表的部分SCI文章

产出单位分布

从通讯作者所属地域来看的话,这些云平台的用户主要分布在全国12个省、直辖市,其中产出最多的单位是南京农业大学,17年基于BMKCloud发表了3篇SCI(累计IF 13.23),短期连发多篇文章的老师也不少,南海水产所喻达辉老师4个月内连发两篇(累计IF 6.298),南京农业大学的张艳丽老师更是在短短2个月内连发两篇(累计IF 7.329)

图2 部分科研单位的地理分布

分析平台热度排行

百迈客BMKCloud已推出25款分析平台,包括真核生物有参转录组、真核生物无参转录组、小RNA、长链非编码RNA、微生物多样性、重测序、ChIP-Seq、CircRNA、全转录组联合分析等多个平台,覆盖转录调控、微生物多样性、个体重测序、群体个性化分析等多种组学分析项目,可满足所有分析高通量测序数据整合分析及深度挖掘的需求。

从2017年已发表的SCI文章来看,使用频率最高的是有参转录组分析平台,占比63%,lncRNA分析平台和小RNA分析平台占比11%,另外医学外显子分析平台、微生物多样性分析平台、甲基化分析平台各占比5%。

图3 百迈客分析平台使用热度一览

云课程 让生物信息更简单

BMKCloud部署了185+课时的线上培训,囊括RNA系列、DNA系列、生物信息软件使用和大家讲坛等课程,每款APP(分析平台)都有详细说明及步骤提示,无论有没有生物信息学基础,用户都能够在短期内玩转各类分析。这些作者中有42.86%的老师是完全不懂生信的,约有50%的老师略知一二,仅7.14%对生信分析较了解。

BMKCloud热门个性化分析

除了主流程APP之外呢,BMKCloud上也部署了104个分析工具、3款工具集。涵盖12大功能类别(基因分析、遗传进化、ncRNA、质控、组装、比对、数据提取、突变、统计、表格处理、绘图、序列分析等)。基本上可满足所有转录组学分析的需求。图4展示了19篇文章中热门的个性化分析

图4 BMKCloud个性化分析示例

仅从这19篇SCI内相关分析内容来看的话,使用次数最高的分析依次是GO分析、热图、KEGG分析、韦恩图和COG分析。其中热图和GO分析使用率最高,均达到52.63%(图5);此外共表达趋势分析,蛋白互作分析等分析也应用较多。

图5 BMKCloud个性化分析热度一览

 

BMKCloud的便捷度

BMKCloud使用便捷,助您多角度进行分析挖掘,随时随地抓住分析灵感。

这些研究者中有35.71%的老师选择在8:00-19:00进行分析,选择晚上进行分析的老师占比21.43%,凌晨进行分析的占比7.14%。

这些研究者中所有拥有BMKCloud年账号的用户会对同一批样本进行2-4次分析和挖掘,而实现这些仅需要修改参数、阈值或更换参考基因组等后重新投递任务即可。避免了传统科技服务模式中多环节沟通,多次收费,出错率高的问题。

BMKCloud的速度

几乎所有的研究者从拿到数据到分析完成所需周期都在3个月内。35.7%的研究者1个月内就完成了文章内的全部分析内容,其他的研究者拿到数据到发表文章的周期都控制在6个月内。其中,中国农科院油料研究所胡琼老师项目组使用有参转录组分析平台投递了200G数据,7天就完成了整个主流程及个性化分析。

BMKCloud的口碑

云平台分析和文章转化的高效赢得了15000+用户以及广泛的认可度,所有研究者都对我们的演示、售后及便捷度做出了很高的评价,并表示愿意推荐给身边的科研同事及圈内朋友。2017年借助BMKCloud取得累累硕果的研究者们对云平台评价如下:

(1)简单方便(流程标准化,图形化,操作简单,使用快捷,节省时间);

(2)灵活自由(参数设置可随意更改,可随时随地分析以及查看进度);

(3)可重复(可多次分析,分析工具种类多样,可以帮助挖掘出新的分析点);

(4)云课堂以及文献资源很实用;

(5)数据储存空间大;

(6)公共数据库是大亮点。

广大科研用户的肯定,科研探索的累累硕果是对我们最好的肯定与鼓励。百迈客将一如既往地秉承“成就客户”的服务理念,持续迭代开发“云模式”,继续引领科技服务2.0时代,更好地服务于广大科研工作者。也希望越来越多的课题组能够享受到云平台的便捷与高效,发表更多更优质的文章!

 

年末福利

年底我们对老客户发文有感恩活动,如果您基于平台分析发表了SCI文章并引用了BMKCloud或www.biocloud.net,即可获赠1个月现有账号使用权限!

 

BMKCloud有别于传统的“服务器+命令行”的生信分析模式,是一种人人都可以分析的新型分析模式。百迈客云平台代表了科技服务的新趋势,我们已步入云端可视化自主分析的基因科技服务2.0时代了!

为感恩回馈各位新老用户对百迈客云的支持与关注,百迈客云现推出72款生物信息分析小工具供免费使用,希望在科研路上助您一臂之力!注册百迈客云平台即可免费使用。