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聚类热图是以热图的形式来进行聚类结果的展示,可以直观的从图上分析哪些数据具有相似性,哪些数据差异较大。百迈客云(BMKCloud)免费推出的聚类热图小工具主要针对矩阵文件(如不同样品的基因表达量、样本相关系数矩阵等)进行聚类分析及图片绘制,并且可以根据研究情况对绘图结果进行交互式操作(如筛选数据,调整图片配色等)。 应用场景: 使用矩阵数据文件进行热图绘制,通常可以对矩阵数据进行筛选,归一化和聚类等处理,多用于不同样品间基因表达水平聚类分析。主要应用在真核有参转录组、真核无参转录组、微生物多样性等数据分析中。 操作步骤: 登录百迈客云首页(www.biocloud.net)——分析——工具——绘图工具——热图 操作方法: 1. 输入文件 (1)文件要求:文件内容应为制表符隔开的文本文件,且大小不可超过 10M。默认首行、首列为表头,一般每列表示一个样品,每行表示一个基因,也可统计其他含义的数据矩阵。除表头外,参与统计绘图的内容应为纯数字,文件范例如下: (2) 指定作图列:可对指定列绘图,如只对第 2 到第 5 列和第 10 列作图,可输入:“2-5,10”。若想按特定顺序绘图,需用逗号将绘图列按序列出,并在下方参数中取消按列聚类,如“6,3,2,5,4”。 (3) 指定基因:可输入基因列表文件,系统会自动过滤空行或以#开头的行并提取第一列作为指定基因,结合上方输入的矩阵文件进行统计绘图。 2. 参数设置 (1)配色方案:设置绘图所采用的配色。可以选择预制方案,也可以根据实际实际需要自定义配色方案。 (2) 对数取值:对文件数据取对数后再绘图。取对数可以有效解决数据取值范围过大导致的配色问题。 (3) 归一化:对行或列进行归一化处理。可最大程度地呈现每行或每列的变化信息,避免超高值掩盖其他数据的变化。绘制基因表达量热图时,常按基因归一化。 (4) 聚类方案:可选择是否按行、列聚类。若按特定样本顺序绘制热图,可取消按列聚类。 a行列显示:可选择是否显示行、列 ID。 b 样品、基因字号:可调节行、列 ID 的字体大小。 3 注意事项 (1) 聚类分析涉及运算分析,当分析的基因数或样品数较多时,绘图时间可能较长,请待任务完成后点击预览查看、调整图片。 (2)如果选择对数据取对数,会自动将取值为 0 的数据转化为接近于 0 的小数。 4. 结果展示 (1) 绘图结果:绘图结果展示区为您展示初始或调整后的绘图结果,同时,可通过图片区域的交互操作查看对应的数据信息,如: a 鼠标悬停于图中相应数据格,可显示其对应的行名、列名和数值。 b 点击图中相应的行名或列名,在“查看原数据”页会高亮显示对应行或列。 c 选中行聚类树某分枝后,可在“查看原数据”也筛选出对应行并下载。 (2)全屏预览:点击图片右上角的缩放按钮,可全屏预览绘图结果。选中聚类树某分枝后点击缩放按钮,可在全屏预览时高亮对应的分枝,以便尽快找到目标区域。 (3)图片下载:点击预览区右上角的“下载”按钮,可保存 SVG 或 PNG 格式的绘图结果 (4)调整图片 a 配色方案:设置绘图所采用的配色。可以选择预制方案,也可以根据实际实际需要自定义配色方案。 b 对数取值:对文件数据取对数后再绘图。取对数可以有效解决数据取值范围过大导致的配色问题。 c 归一化:对行或列进行归一化处理。可最大程度地呈现每行或每列的变化信息,避免超高值掩盖其他数据的变化。绘制基因表达量热图时,常按基因归一化。 d 聚类方案:可选择是否按行、列聚类。若按特定样本顺序绘制热图,可取消按列聚类。 e 行列显示:可选择是否显示行、列 ID。 f 样品、基因字号:可调节行、列 ID 的字体大小。 (5)查看数据 a聚类数据:显示聚类后数据矩阵的前100行,样品和基因顺序均与左侧图中一致。 b 搜索基因:可在搜索栏中输入关键词,搜索相应基因或基因集。 5.案例展示 2017年,中国水产科学院喻达辉老师在百迈客云平台上对合浦珠母贝免疫相关数据进行分析,2篇文章先后分别发表于同一个杂志《Fish &...

GO、KEGG分类富集图绘制工具对给定的基因集结合注释信息绘制GO分类富集图、KEGG分类富集及通路富集图。GO分类富集图是通过对基因进行GO terms 富集度统计学的分析,计算出基因的P_value和Corrected_P-value,定位基因最可能相关的GO term。KEGG分类富集图是可以把显著的pathway进行富集,有助于找到实验条件下显著性变化的生物学调控通路。 适用数据类型:转录组研究数据和基因组研究数据 软件:R包(ggplot2) 操作步骤 登录百迈客云首页(www.biocloud.net)——分析——工具——绘制GO和KEGG富集图。 操作方法 1.输入文件 Anno: 是所有基因功能注释的结果总表,一般百迈客的有参、无参项目中会有这个数据,通常的命名为All_Database_annotation.xls。 Genes_id: 指需要进行分析的基因集文件,txt文本格式,每一行是一个基因的名字。 GO_top_lines:指定前多少行用于GO富集绘图,在进行GO富集分析的时候,会将结果按P值进行排序,然后挑选前n行进行绘图,默认为20。 2.注意事项 (1)注释总表(All_Database_annotation.xls),该文件包含Integrated_Function.anno、Function_anno.stat、GO.list、GO_tree.stat、Kegg.pathway、Kegg.ko等6个工作表,其中GO.list、GO_tree.stat、Kegg.pathway、Kegg.ko这四个必须包含,且命名完全一致。 (2)Genes_id和注释总表的基因ID相对应; (3)文件名称:包含字母数字以及下划线,不能以数字开头,不能有空格,不能有特殊字符等。 (4)如果是在百迈客云上分析的结果,只需要在项目结果中找到All_Database_annotation.xls文件输入即可。如果不是在百迈客做的项目,没有这个文件,您需要先将FASTA格式的文件在云平台的“基因功能注释”小工具中得到All_Database_annotation.xls,如下示意图。 3.结果说明 该结果包含两个文件GO和KEGG GO包含以下文件: 其中go_enrichment.png是GO富集结果图,选择置信度Pvalue最高的20个绘制通路富集图;GO.Classification.png是GO分类图。 KEGG包含以下文件: KEGG.Classification.png是KEGG分类图。 案例展示 百迈客云平台的GO、KEGG分类富集图绘制小工具得到了许多老师的认可,目前已经有一些老师运用这款小工具发表了文章,比如郑州大学安秀丽老师课题组对四倍体与二倍体芜菁转录组比较分析的研究中运用了GO、KEGG分类富集图绘制工具,文章发表在《Frontiers in Plant Science》杂志上。 此外,中国农业科学院油料作物研究所的胡琼老师课题组对参与油菜分蘖调控相关信号通路的研究中也运用了GO、KEGG分类富集图绘制工具,文章发表在《Int J Mol Sci》杂志上。 百迈客云平台是由北京百迈客生物科技有限公司开发,集生物信息分析软件、数据库以及云计算为一体的生物大数据分析平台。GO、KEGG分类富集图绘制小工具就介绍到这里了,请关注百迈客云微信公众号,后期会有更多小工具的介绍和操作指引,如果您在操作过程中遇到任何问题都可以联系咱们的云客服,欢迎点击屏幕右下方客服图像进入咨询环节。 参考文献: 1. Zhao R, Feng J, Yin X, et al. Antibiotic resistome in landfill leachate from different cities of China deciphered by metagenomic analysis.[J]. Water Research, 2018, 134:126–139. 2. Cheng H, Hao M, Wang W, et al. Integrative RNA-...

微生物多样性分析平台全新升级  2h极速分析   百迈客微生物云是一种高效、全面、快速、深度解读微生物多样性数据的在线分析平台,2h即可完成微生物多样性数据分析,3min即可完成单个个性化分析! 为感谢支持百迈客的老师,微生物多样性云平台免费试用啦! 扫描下方二维码即可获赠多样性分析平台15天体验名额   此外,为更深入了解多样性云,高效利用云平台进行数据挖掘,可加入QQ交流群参加免费培训班!还可与1000+位老师共同交流讨论,快快加入吧! 扫描下方二维码即可加入百迈客微云交流平台参加培训  ...

英文名:Rice  Information  GateWay  (RIGW):  a  comprehensive bioinformatics platform for indica rice genomes 中文名:水稻信息网(RIGW):一个全面的籼稻基因组生物信息学平台 发表杂志:MOLECULAR PLANT 影响因子:8.827   Oryza sativa subsp.籼稻和O. sativa subsp. 粳稻是亚洲栽培稻的两个亚种,其中籼稻的种植面积更广,遗传多样性也更高。在过去的几年,水稻注释项目数据库(RAP-DB)(Ohyanagi等,2006)和密歇根州立大学水稻基因组注释项目(MSU-RGAP)(Ouyang等,2007)是两个受欢迎的数据库, 基于粳稻品种Nipponbare(国际水稻基因组测序项目,2005)的统一参考基因组的基因组和转录组数据。北京基因组研究所的水稻信息系统(BGI-RIS)(Zhao等,2004)是籼稻栽培品种93-11的可用资源,但由于缺乏高质量的籼稻参考基因组,其应用受到限制。 为了弥补这一缺点,研究人员构建了一个综合全面的平台:Rice Information GateWay(RIGW,http://rice.hzau.edu.cn/),提供基因组学,转录组学,蛋白质 - 蛋白质相互作用(PPIs),代谢网络,代谢物和计算工具,以最新的籼稻珍山97(ZS97)和明恢63(MH63)(Zhang et al.,2016)为参考基因组。RIGW通过直观的Web的界面,为水稻研究提供丰富的基因组学和其他组学数据。 RIGW在Linux操作系统和Apache Tomcat Web服务器(http://tomcat.apache.org/)中实现。 所有的基因组数据,注释,同系物,基因表达,PPIs,代谢物和文献存储在MySQL数据库(http://www.mysql.com/)中。 图1A显示了RIGW中的体系结构,一些有代表性的资源和计算工具。 图A RIGW体系结构 RIGW上部署GBrowse(https://github.com/GMOD/GBrowse)用于ZS97和MH63基因组和转录组数据的可视化(图1B),分别选择了包括基因注释和标记叶子、圆锥花序以及芽中的RNA-sequencing。 图B GBrowse 另外,为ZS97,MH63和Nipponbare基因组之间的比较分析提供了Gbrowse_synteny工具(图1C),所有位于同一染色体区域的相应注释可以很容易的并行显示出来(每个基因组都可以设置为参考)。 图C Gbrowse_synteny工具 研究人员开发了一个灵活的查询界面来高效地检索和图形化显示各种数据。 例如,提供关键词的搜索引擎,用户输入关键词(例如基因位点,基因功能)就可以链接到详细页面(例如基因位置,基因结构,可变剪接,其他品种水稻中的同源物, 核苷酸和氨基酸序列,基因表达水平等)。 此外, Gene Ontology(Harris等,2004),InterPro域信息,预测亚细胞定位和蛋白质 - 蛋白质相互作用以及外部数据库链接在可以获得的情况下都列在搜索结果中(图1D)。 提供局部序列比对搜索工具(BLAST)作为碱基序列的搜索引擎,可以查找在籼稻ZS97,MH63,93-11和粳稻日本晴中的同源序列,比对结果通过图形和文本的格式呈现。 图D 搜索结果展示 在补充表1和RIGW主页中列出了ZS97和MH63基因组特征。研究人员根据相关文献,在不同品种水稻中手动收集了2000多个克隆的基因,和2500多个具有详细注释信息的水稻代谢物。利用CREP(http://crep.ncpgr.cn/)的数据,研究人员建立了一个友好的网络界面,用于查询和显示ZS97,MH63及其杂种汕优63(SY63)生命周期中39个组织的基因表达水平。对于给定的基因,可获得的所有组织表达量信息,这极大地促进了其表达模式的研究。由于全基因组PPI网络对研究整体细胞反应非常有用,研究人员从公共数据库收集了1,871,563个非冗余水稻PPIs(其中929个为实验确定的PPIs),包括PRIN(Gu et al.,2011), RiceNet(Lee等,2015)以及RIGW中的相关文献。用户可以在PPI搜索页面上提交一个或多个ZS97...

新年伊始,万象更新。 百迈客微生物多样性云分析全面升级! 第一步:登录百迈客云平台后点击分析==>微生物多样性分析平台==>运行软件,之后创建项目名称并选择数据类型; 第二步:导入数据、确认引物、修改样品名称; 第三步:选择是否进行样品合并(这里是指将样品数据合并)并选择后续分析的样品; 第四步:选择分子标记类型和可变区并上传环境因子数据(若没有环境因子可不选); 第五步:根据实验设计设置样品分组信息,最后确认参数无误后点击提交即可进行微生物多样性分析; 怎么样,是不是很简单呢? 微生物事业部 李汉洲 | 文案 图片来自网络,侵删...

想起我上学那会儿,老师熬了好些个夜,掉了好几撮头发,写出了个基金本子,最后还被大老板批成是shit的悲惨故事!! 我这大半天就要写出个基金,我了个乖乖,我这是要逆天了吗?静下来又细看一下任务,还好,只是介绍介绍,不是真的基金,凭着图谱君在百迈客长时间的修炼,现学现卖的本事早已炉火纯青,水平已不是当日吴下阿蒙,逆个小半拉子天还是可以的了。 好了,怎么学?特别是快速学习,方法主要有2种,一种是利用网络,各种搜索;还有一种是寻求专业人士,在这里就是手上有基金的人士支援。 受益于图谱君平日积下的德,没多久就获得了一大波资源,在此整理一下,分享给大家。 从今天开始到18年国家自然基金上报截止日期为止,图谱君会把压箱底的干货资料都毫无保留的发放给大家,敬请期待!(PS:如果反响强烈,图谱君还会把最新出版的springer基因定位相关的书籍共享给大家滴~~) 什么是国家自然科学基金 上世纪80年代初,为推动我国科技体制改革,变革科研经费拨款方式,在小平同志的亲切关怀下,国务院于1986年2月14日批准成立了国家自然科学基金委员会,管理国家自然科学基金。30年来,科学基金不断完善同行评价体系,提升资助管理水平,逐步形成了包括探索、人才、工具、融合四大系列的资助格局。 然科学基金申请资格 那么谁可以申请国家自然科学基金呢,说到这,首先得提一下依托单位,科学基金接受自然人申请,但项目的实施得是在可以承担自然科学基金项目的法人单位。国家自然科学基金条例的第八条规定:中华人民共和国境内的高等学校、科学研究机构和其他具有独立法人资格、开展基础研究的公益性机构,可以在基金管理机构注册为依托单位。当然,可以注册不一定意味着注册成功哦,基金委会审,2017年,基金委批准了160个单位为自然基金依托单位。那么依托单位里什么样的研究人员可以申请基金呢,条例第十条规定如果你满足以下2个条件任意一个,就可以申请,第一个具有承担基础研究课题或者从事基础研究的经历,第二个是具有高级专业技术职称或者有博士学位,如果你既没有博士学位又没有高级职称但是你有火热的科研热情,基金委也不会对你熟视无睹,只要有2名具有高级专业技术职称且与你申请课题研究领域相同的科技人员对你进行推荐,你也可以申请,但如果你很不幸在一个不是依托单位的单位,那你是不是就不能申请了呢,当然不是了,别说你的单位不是依托单位,就算你没有单位,只要你找到一家依托单位,和他协商好,你也可以挂在该单位申请基金,当然,这个实际操作起来会麻烦些,不过想想科学研究中的困难,这就不算困难了,对吧。当然,自然基金项目类型那么多,很多项目在上面所说条件的基础上,还会有很多特殊要求。具体可以参考项目指南:http://www.nsfc.gov.cn/nsfc/cen/xmzn/2018xmzn/01/index.html。 年自然基金资助情况 2017年基金委共接收了各类项目申请202248项,前三甲的项目类型分别为面上项目:18136项,青年科学基金:17523项,地区科学基金:3017项。财政支出总计花了267.28亿元,和2011年相比整整增加了90%,怪不得这几年科技服务的公司越开越多了呢。 这么多的钱都去了什么地方呢,你如果以为是大家一起分分,那你就图样图森破了,我们来看看下图,2017年受资助经费超过10亿元的省份共有7个,资助前5位的省份占总资助的54.97%!分别是北京,上海,江苏,广东和湖北,妥妥的都是科教大省市。 再谈谈获得项目支持最多的三类项目,相对来说也是最容易申请的,如下表所示,资助率平均在20%。 面上项目是国家自然基金资助数目最多,学科覆盖最广的一类资助类型,项目经费占各类项目资助总经费的45%以上,在职攻读研究生学位的人员经导师同意后也能申请,面上一般资助期限为4年;青年科学基金这是一类对于刚获得博士学位的研究人员来说相对比较容易申请的资助项目,且对于符合条例第十条规定的在职攻读博士学位的人员,经导师同意后也能通过受聘单位申请,不过这个只是基金委对年轻人的关爱,在你科研的道路上扶你上马走一程,项目期限为2年, (国内的大环境,一般没有基金的话,是不可以上副研的)所以,我们也应该理解这个项目类型只能获得一次资助的规定;地区科学基金是重点支持偏远地区的,偏远地区条件差,基础薄弱,基金申请写研究条件的时候难免被发达地区比下去,所以基金委直接出台了这么一项,简直是太贴心了。 2018年度自然基金申请 一般来说每年的12月份会发布下一年的项目申请指南,很多新人、老手也是这以后才开始准备本子的,2018年国自然本子的集中接受期 从2018年3月1日开始,3月20日16时截止(3月17-18日办公,其他法定假日不办公)。当然基金申请是需要依托单位的,所以,每个单位都有自己的截止日期,一般都是早于20号的,晚了,就不给你整啦。对于各种规定,可以通过官网查询,特别详细,基金委官网:http://www.nsfc.gov.cn/,登录https://isisn.nsfc.gov.cn/egrantweb/,可以查询往年资助详细,2018年申请受理注意事项:http://www.nsfc.gov.cn/nsfc/cen/2018sqsl/index.html。 金撰写 说起撰写基金,那估计很多人都有一大把心酸泪,那些掉了的发,敖红了的眼,毙掉的本子,想想都心痛。但是申请的多了,必然就有一大堆经验了,自己的拿出来分享,别人的拿来用,推荐2个网站,科学网的http://bbs.sciencenet.cn/和http://blog.sciencenet.cn/上面一堆关于基金申请和评审的相关知识,小木虫http://muchong.com/bbs/上面有很多血泪教训。 自然基金注重的是研究的科学价值,创新性,可行性和社会价值,首要在于选题,选的题目得有创新点,创新不能脱离前期实验支撑,和可行性相辅相成。我们以青年基金为例,一般新毕业的博士申请的比较多,但是纵你有一千个想法,个个都说出花来,如果没有研究基础,可行性就大打折扣了,所以,很多青年基金的申请一般都不会脱离博士课题的研究,但也不可能拷贝学位论文,在博士期间课题的基础上寻找切入点,深入一下,来点新的,这样可行性,创新点基本都有啦,科学价值和社会价值那是必须的了,当然,要是你的博士课题很扯,那咱就想想别的办法,或者就去拼人品吧。 既然是申请基金,那就得按照基金委给你化的条条框框来,不能只讲idea,很多时候辛辛苦苦写出的本子,在初审的时候就被刷了,那基本都是格式审查没过,这几年每年都有2%左右的本子都是因为格式被刷了,有些是纯粹打酱油,不怕浪费单位资源,不怕挨批,那被毙了也不可惜,就当是凑热闹了,但有些基础扎实、立题新颖的本子如果因为格式没过,那就太可惜啦,一些比如人员超项、申请代码选择错误、依托单位不一致、申请人和参与人的资格问题等,在这些问题上翻了,可对得起你完美的课题设计呀?2017年不予受理的最多原因竟然是依托单位或者合作单位没有加盖公章,或者名称和公章不一致,达到了568项,这是什么鬼??图谱君表示理解不了,难道你们单位没章?还是单位水太深? 当然基金委还是很开明的,接受申述,2017年 有708个本子表示不服,为什么初审都不给过,太丢人了,基金委接受了509项,维持原判466项,重新考虑了43项,最后有9项成功得到资助,厉害了!! 接下来说说基金正文,主要包括三个部分,第一部分是立项依据和研究内容,包括5个小项:第一是立项依据,主要是研究意义和国内外研究进展,指出课题的空白点、难点,确立本子的研究着眼点,当然什么国内领先、填补空白这种词就少用用吧,留着等你做出大成果被报道的时候用吧;第二是研究内容,研究目标和拟解决的科学问题,这一部分的文字可能不是最多的,但却是最重要的,评审专家看得最细致,征服专家就在这一段了,虽说是同行评议,但评审专家不可能什么研究方向都是特别精通的,通过这一部分,让专家明白你的方向,理解你本子的科学价值,做到大同行能看懂,小同行能看出水平; 第三是研究方案和可行性分析,研究方案包括研究方法、技术路线、实验手段和一些关键技术的说明,可行性分析就是本子的研究基础呀,国自然资助的研究一般不太可能是前期什么都没做的,只给专家画一个饼,技术路线里最好已经是完成了一部分,后续的实验材料已经准备完善了,举例证实你用的技术方案是可行的,你的实验平台是可以支撑你的实验方案的,这个时候很多大单位,大牛的实验室就占优势了;第四是本子特色和创新点,这个是必须写的,符合我国新时代的科学发展之路,当然不用篇幅太多,半页都算多了;第五是研究计划和预期结果,以年为单位,这个时候就要画饼啦,当然别胡扯,按照研究内容和技术路线写踏实点,专家的眼睛雪亮,就你那点东西还能做到天上去。 第二部分是研究基础和工作条件,其实这部分内容有一些是上一部分可行性分析的补充,如果研究基础的结果比较多,发表了相应的文章,那么什么重点图表啥的都给整上去,工作条件什么的把软硬件都写上去,什么实验设备,PCR仪、高速离心机都可以写上,前提是这些东西对你的实验的确比较重要,软件之类的可以写写你的门路,比如你的实验和什么大专家合作呀,不过要是你写的专家和评审你的专家不对付,那就不好说啦。当然大多数专家都是很理性的,所以该傍的大腿还得傍,因为评审你的专家不可能正好是你研究方向的专家,如果你的本子后续在大专家的指导下实施,那会显得比较靠谱。还有就是目前承担的相关项目呀和完成过的国自然情况,这个不一定和本项目相关,这些没有就写无好了。 第三部分就是一些情况调查啦,主要是申请人本人和参加人员申请不同类型基金的情况,有啥说啥就好了 后面就是申请人简历和参与人的一些基本介绍了,这个时候把自己发过的文章都列上,这个都是实力的象征啊。记住,基金委让写的东西都是有用的,哪天你要发现,你因为简历不够鲜亮,被竞争掉了,也别觉得怨,踏踏实实来年再写,用实力来丰富你的简历。 最后就是签字盖章页了,合规合法从来都是最重要的。 当然了,所有用到参考文献的都得附上,尽量找最近三四年之内的,格式啥的都整好了,在endnote下面自己编辑个filter,这样格式不容易出错。说到这,大家有没有觉得大部分这些内容都有毕业论文第一章的既视感,还没有毕业的同学们,好好写毕业论文,对你申请基金有好处哦。 唠叨了这么多,图谱君好像没说图谱呀,其实涉及基因定位的基金申请还是挺多的,但是具体方法还是和所研究的领域方向,具体目标有关系,目前来说,图谱的构建是大多数基因定位本子的研究基础,后续再根据实际,去考虑具体创建什么样的材料,运用什么定位方法,开发什么标记,话说百迈客在这些内容的解决上是经验多多啦。什么时候图谱君拿到了一个真实本子的授权,再以其为例,说说大牛或小牛的实验构思,技术方法吧。 话说写基金其实就是养猪,养一只好猪、肥猪、健康猪,卖给基金委,拿钱。我们很多人没养过猪,但谁还没花过卖猪钱啊。 最后,来2句名人名言,不做翻译,大家自行体会。 遗传群体事业部 闻伟锷 | 文案 许语辉 | 审核 图片来自网络,侵删    ...

  俗话说的好,正月十五闹元宵 一年更比一年好!! 为了回馈广大科研工作者对百迈客公司的支持与信任,我公司特意推出“闹元宵·赢双礼·100个转录调控云次账号免费送暨100个全长转录组超值特惠”活动,名额仅限100名!先到先得,速来参加吧!! 大礼一:100个转录调控云次账号免费送 科技服务云时代,极速分析周期 百迈客云次账号,客户以次(G)为单位付费,在一定计算资源和固定APP 内自主完成1 次主流程分析及使用该项目APP长达 1 年的个性化分析,实现单次项目从建库测序到文章发表的一站式服务! 大礼二:100个全长转录组超值特惠 全长转录组首选百迈客,率先引进三代测序系统PacBio RSⅡ和PacBio Sequel,在样本处理与数据分析准确和全面性上远高于市场平均水平,目前已有兔子、甘薯、跳甲等多个成功案例,是国内三代综合实力最强的科技服务公司之一。【相关链接见文末】 本次活动规则: 1、中奖客户只需支付建库测序费用,即可尊享百迈客提供的建库测序+次账号信息分析(不限样本数,样本越多,免费越多)!中奖客户还可同时享受全长转录组超值特惠! 2、活动日期(赢双礼):2018年2月22日-2018年3月10日,逾期失效!! 3、两大礼有效日期:需在2018年3月31日前签单开票!! 4、参与方式:识别或扫下方二维码进行抽奖活动(百分百中奖)!! 活动详情可与当地销售联系 部分成功案例 【项目文章】三代测序构建兔子转录本图谱 【项目文章】三代全长比较转录组研究甘薯和野生甘薯的进化关系(文末有惊喜~) 【项目文章】一样的数据,不一样的文章~ 图片来自网络,侵删 百迈客云不仅是面向生物大数据分析的开放云平台,为用户提供包括生物信息分析APP、计算资源、公共数据、信息分析培训的整合服务,也是科研工作者的终生制项目管理一站式平台,相比传统线下科技服务,能随时随地在线检视项目全程进展(送样-提取检测-建库-测序-数据质控-分析-交付),国内首家实现云端全结果交付(结题报告和结果文件,个性化结果,提取检测报告)!选择百迈客云服务,让您省心无忧,实现科研论文的快速转化!...

2017年12月,吉林大学袁宝老师在Scientific Reports发表了一篇关于大鼠垂体的研究,鉴定了不同发育阶段的垂体中的lncRNAs,并构建了促卵泡生长激素FSH的调控网络。 Identification of long non-coding RNAs in the immature and mature rat anterior pituitary 成熟与未成熟的大鼠垂体前叶中的lncRNA鉴定 期刊: Scientific Reports    影响因子:4.259 1.研究背景 垂体是哺乳动物最重要的内分泌腺,分前叶和后叶两部分。它分泌多种激素,如生长激素、促甲状腺激素、促肾上腺皮质激素、促卵泡生长激素(FSH)等。这些激素对代谢、生长、发育和生殖等有重要作用。在未成熟的垂体中,激素的含量应该在适当的范围内,以适应身体的发育和生长。在成熟的脑垂体中,激素主要影响生殖能力。在大鼠的垂体研究中,更多的是关注基因和miRNA,对lncRNAs的研究比较少。最近的研究报道lncRNAs参与了垂体的肿瘤发生,说明lncRNA很可能通过调控垂体相关生物学过程来调节生长发育与生殖。 2.材料方法 样品:15日龄和120日龄大鼠(Rattus norvegicus)各取3只,同日龄的3只大鼠的垂体前叶混合成1个样品,2个样品测序数据量分别是14G和15G。 平台:百迈客Illumina HiSeq X ten平台 分析平台:百迈客云平台(BMKCloud),利用云平台做了个性化分析 分析内容: 图1  分析内容 3.研究结果 1.鉴定未成熟和成熟垂体前叶形态学差异 我们检测了两个发育阶段垂体前叶形态学上的差异,成熟的垂体前叶有更清晰的边界和更多的毛细血管,因此我们推测有某些因子导致了大鼠垂体的形态和功能差异,根据近几年的研究,这种因子可能是lncRNA。 图2 未成熟和成熟的垂体组织的形态学鉴定 (A.15日龄垂体前叶放大100倍;B. 15日龄垂体前叶放大500倍;C. 120日龄垂体前叶放大100倍;D. 120日龄垂体前叶放大500倍) 2.lncRNA的鉴定和差异分析 对两个日龄的垂体前叶分别测序,比对效率分别为95.06% 和95.15% ,本研究中我们鉴定共到7039个lncRNA,lncRNA的平均长度为2052bp,比mRNA略长。而76.5%的lncRNA含有2个外显子,mRNA平均含有4.1个外显子。 图3  lncRNA和mRNA的长度(A)、外显子个数(B)的比较 使用fold change≥2且FDR< 0.05,筛选到1181个差异表达的lncRNA,其中有607个是上调的。基于位置关系进行靶基因预测,发现靶基因主要参与了抗原处理和呈递途径,自身免疫甲状腺疾病途径和I型糖尿病途径。 图4  lncRNAs 和mRNA的表达量分布情况 促卵泡生长激素(FSH) 是垂体前叶分泌的一种糖蛋白激素,其主要功能是卵巢的卵泡发育和成熟。我们在反式靶基因中找到了调控FSHb基因的lncRNA,并用其中3个新鉴定到的lncRNA构建调控网络图。 图5 qPCR验证10个高表达的lncRNAs和3种与FSHb基因相互作用的新lncRNA (A. 10个高表达的lncRNA的定量结果;B. lncRNAs和FSHb基因的相互作用网络;C-E.三种新lncRNA的定量结果) 3.qPCR验证 我们挑选调控FSHb的3个新lncRNA 和十倍差异的lncRNA 做qPCR验证,定量结果和测序结果吻合。前人的研究表明FSHb基因的表达量在性成熟阶段明显增加,这三个新lncRNA的表达趋势和FSHb mRNA一致。 结论 本项目系统地研究了lncRNA在15日龄未成熟小鼠和120日龄成熟大鼠垂体前叶的情况,共鉴定到7039个lncRNA,1181个差异表达的lncRNA,并预测靶基因。顺式靶基因主要富集到抗原处理和呈递途径,自身免疫甲状腺疾病途径和I型糖尿病途径;根据反式靶基因构建了调控网络,发现有3个新lncRNA能够靶向调控促卵泡生长激素FSHb基因,为后续的深入研究奠定了基础。 研究亮点 垂体分泌的几种激素,在发育阶段起着关键作用,尤其是促卵泡生长激素FSH,能够促进卵泡的发育和成熟。lncRNA在生物学过程中有重要作用,如表观修饰,细胞分化,转录调控,生长发育,抗病等。最近的研究表明,lncRNAs参与垂体肿瘤的发生,这项研究鉴定了在大鼠垂体前叶各发育阶段的lncRNA的情况,并找到了调控FSHb的lncRNAs。 参考文献 BaoY, Zhang J B et...