植物抗旱研究的老师看过来了,近期华中农业大学水稻研究团队成功构建水稻双基因转化抗旱株,并借助百迈客云计算平台(www.biocloud.net)挖掘该抗旱株转录组测序数据,完成对该新型水稻抗旱株抗旱机制初步探究。 中文题目:OsbZIP46、SAPK6基因共同过表达提升水稻抗旱能力 IF = 4.298                  PMID:28694815   研究背景干旱是全世界范围内威胁水稻产量的主要非生物胁迫之一。作物的抗旱性状一般认为由多基因控制,因此,抗旱相关多基因转化策略理论上可以作为提高水稻抗旱性的一种有效手段。 脱落酸(abscisic acid,ABA)信号通路在植物非生物胁迫响应网络中处于中心位置,该通路包含4个主要组件:a)ABA 受体PYR/PYL/PCAR,b)A型蛋白磷酸酶2C,c)蛋白激酶SnPK2,d)bZIP转录因子家族(第3亚家族)。之前研究表明,bZIP转录因子活性在多种植物中可被蛋白磷酸酶SnPK2s通过磷酸化调节。我们之前的研究也表明,bZIP转录因子OsbZIP23和OsbZIP46在水稻抗旱过程中扮演着重要角色,且其转录调控活性可被SnPKs家族SAPK2与SAPK6激活。因此,bZIP转录因子家族与SAPKS蛋白磷酸酶家族可作为多基因转化策略中的候选基因来提升水稻抗旱能力。 技术路线 材料与方法材料 转化基因:OsbZIP46CA1(bZIP转录因子OsbZIP46删除负调控domainD)+ SAPK6(蛋白磷酸酶家族); 转化载体:pCB2004质粒 水稻转化受体材料 : 东北种植品质KY131 水稻转基因材料:XL22(OsbZIP46CA1+SAPK6),CA1-OE(OsbZIP46CA1),SAPK6-OE(SAPK6) RNA-seq材料:XL22、CA1-OE、SAPK6-OE、KY-131-N4叶龄种子材料,每个处理3个生物学重复 方法 转化:农杆菌介导转化 插入片段拷贝数检测:Southern Blot 插入基因转录水平评估:荧光定量PCR 插入基因蛋白表达及活性评估:荧光定量PCR检测OsbZIP46CA1调控基因Rab21、 Rab16B在转基因材料中的转录水平;转基因材料对ABA敏感性判断转化基因是否正常过蛋白过表达且产生活性 抗旱性评估: 种子发育期,缺水处理7天,恢复给水7天后存活率;生殖生长期,孕穗期缺水处理14天,产量、灌浆速率、穗数、小穗花数等指标 RNA-seq测序:Hiseq测序平台,百迈客云(www.biocloud.net)数据分析平台 结果1、转化株构建与筛选 1)使用MISSA系统构建pCB2004+OsbZIP46CA1+SAPK6重组质粒,采用农杆菌介导转化方法将两个抗旱相关目标基因插入东北栽培品种水稻KY131基因中,构建OsbZIP46CA1、APK6双基因转化株。另外,也使用同样的转化体系分别构建了上述两个基因的单基因转化株。 2)通过southern-blot杂交技术,鉴定T0初始转化株中插入基因的拷贝数,挑选插入基因单拷贝的T0的T1子代初步鉴定具备抗旱性状的转基因株(肉眼观察)。 3)最终筛选得到一个在生殖器官发育阶段抗旱强于非转基因株的双基因转化株XL22,见图1B。 4)利用荧光定量PCR技术,检查了XL22转基因株及其对应的单基因转化株中的插入基因是否过表达,如图1C所示,上述转化株中插入基因均出现了预期的转录水平。 5)以OsbZIP46CA1的下游调控基因Rab21、Rab16B的转录水平,转化株对ABA的敏感性来判断插入基因是否发挥作用,如图1C所示,转化株中点的Rab21、 Rab16B转录水平均出现上调,且转化株对ABA更加敏感,说明上述转化株中的插入基因均能正常发挥作用。 2、XL22转化株抗旱能力评估 a)生殖生长期抗旱能力评估:XL22、CA1-OE(OsbZIP46CA1转化株)、SAPK6-OE(SAPK6转化株)、KY-131-N(非转基因株)4组材料,每组4个独立生物学重复,孕穗期缺水处理14天,比较不同材料之间的单株产量、灌浆速率、穗数、小穗花数、圆锥花序数、单位面积产量6个指标。如图3所示,无论是肉眼观察(3A、3B)结果,还是上述6个指标(3C)统计结果,都表明XL22在抗旱性上要优于单基因转化株与非转基因株。 b)种子发育期抗旱能力评估:XL22、CA1-OE(OsbZIP46CA1转化株)、SAPK6-OE(SAPK6转化株)3组材料(4叶龄),每组3个生物学重复,7天缺水处理,观察恢复给水7天后的叶片卷曲情况,统计存活率。如图4A所所示,恢复给水7天后,XL22相较于单基因转化株,叶卷曲更加轻微,如图B所示,XL22的存活率也要显著高于单基因转化株。另外,如图4所示,XL22离体叶片子在室内环境下,脱水速度也显著低于其他材料。该结果表明,XL22在种子发育阶段的抗旱能力也要强于单基因转化株。 3、XL22转化株耐热、抗寒能力评估 分别取XL22、CA1-OE、SAPK6-OE、KY-131-N的4叶龄种子材料,每个3个生物学重复,均进行42℃ 12小时,4℃5天处理,最后正常环境下生长7天,观察这各材料之间的叶卷曲清苦以及存活率,结果显示,XL22表现为个更高的存活率(图5C),更加轻微的叶片卷曲(图4A),表明XL22相较于单基因转化株与非转基因株拥有更强的耐热、抗寒能力。 4、RNA-seq揭示XL22抗旱分子学机制 a)为了分析XL22抗旱表型后的基因调控网络,研究者分别对XL22、 CA1-OE、SAPK6-OE 3个转化株系在正常给水与相同缺水处理条件下的材料进行了转录组测序,取样部位为倒二叶,每个处理设置两个生物重复,测序使用illumina Hiseq平台,PE150读取方式,数据分析在百迈客云计算平台(www.biocloud.net)完成。 b)分析结果显示,XL22的缺水处理相较于正常给水组材料,2977个基因转录水平显著上调,3243个显著下调;CA1-OE中,2962个基因转录上调, 3514个基因转录下调;SAPK6-OE中,3433个基因转录上调,3472个基因转录下调(FDR < 0.01, |FC| > 2)。大部分的转录上调基因在3个材料之间是共有的,如图6B所示,表明这些上调基因在水稻干旱胁迫响应中功能比较保守。 c)由于转基因材料中过表达基因为bZIP家族转录因子及其活性激活基因家族,研究者重点关注了3个材料中转录上调的基因,这些基因被划分为4类:Group1,XL22相较于CA1-OE特有上调基因,645个;Group2,XL22相较于SAPK6-OE特有上调基因,500个基因特异上调;Group3,CA1-OE相较于SAPK6-OE特有上调基因,398个;Group4,SAPK6-OE相较于CA1-OE特有上调基因,869个。Group I主要分布在“Response to ABA”、“Regulation of Plant-type Hypersensitive response”等GO term;Group II主要分布在“Organic Substance Biosynthetic Process” 、“Salicylic Acid...

分析思路1          共表达分析中,整合大量相关公共样本测序数据,可构建出相较于常规样本量下可靠度更高的基因共表达网络,从而基于该网络进行更加准确的后续分析:a)预测目标转录因子的下游调控基因、目标调控网络中的关键转录因子;b)预测ncRNA与mRNA之间的靶向关系;c)基于网络中已知功能基因推测同网络中其他功能未知基因功能;e) 将每个共表达模块分别作为一个整体,计算其与各组织或各发育时间点之间的相关性,建立各组织相关或各时期相关基因表达网络...

大豆研究套餐: 整个多个大豆RNA-seq公共数据,分析SWEET基因家族在大豆生殖组织与营养组织间表达变化规律 文章思路 Patil G.  et al. Soybean (Glycine max) SWEET gene family: insights through comparative genomics, transcriptome profiling and whole genome re-sequence analysis. BMC Genomics. 2015 1. 大豆中SWEET基因鉴定 SWEET基因家族在植物体内的糖运输、免疫及生殖组织发育过程中发挥着非常重要的作用。研究者使用拟南芥、水稻中的SWEET家族基因序列,通过BLAST比对,鉴定到了大豆中的52个SWEET基因。 该步骤可非常方便的调用部署于百迈客云平台上的BLAST小工具来完成。 2. 大豆中SWEET基因与其它物种的序列比较分析 为了了解不同物种中SWEET家族基因的进化关系,研究者对大豆中的SWEET家族基因与其他13个物种(包括水稻、拟南芥、玉米在内)中的SWEET基因构建系统进化树。 该步骤可调用部署于百迈客云的MEGA小工具来完成。 3. 大豆中SWEET基因上游调控转录因子分析 研究者提取了52个转录因子的启动子序列,预测了这些启动子序列中存在的motif序列,并在转录因子数据库中注释到了可与上述motif序列结合的转录因子,这些数据为之后研究SWEET基因转录调控网络提供了数据基础。 该步骤中的motif序列提取可调用部署于百迈客云的motif_prediction小工具来完成。 百迈客云motif_prediction小工具运行结果 4. 大豆中SWEET基因不同组织中表达量变化规律分析 1)下载大豆RNA-seq公共数据集: 数据集1 SRA数据库编号:PRJNA140081. 包含14个样本,其中11个样本为生殖组织来 源(花、豆荚、种子),3个为营养组织来源(叶、根、根瘤) 数据集2 GEO数据库编号: GSE29163. 包含10个样本,其中6个样本为生殖组织来源(花、花芽、种子),4个样本为营养组织来源(根、茎、叶、幼苗) 该步骤可进入BMKCloud_数据库模块按数据编号完成数据检索及一键保存,保存后的数据可直接调用百迈云平台的分析模块BMKCloud_APP进行后续分析。 2)对大豆所有基因进行转录了水平定量,并从中筛选SWEET基因家族,分析该家族基因在大豆的生殖组织与营养组织见的表达量变化规律。 该步骤可直接将上步保存于百迈客云的公共数据导入BMKCloud_APP模块中的 “有参转录组分析平台”进行分析,运行后便可得到文章所需的结果。 分析结果: 1)GmSWEET21、GmSWEET24在所有样本中均高表达 2)有23个SWEET基因在所有样本转录水平非常低或者未检测到,这些基因或许为假基因,或者需要再特殊组织特殊时期表达 3)其余的SWEET基因均在花或者种子等生殖相关组织中高表达,说明SWEET基因在生殖相关组织发育过程中发挥重要作用,与之前的相关的研究结论一致。 立即体验...

研究背景: 杏(P.armeniaca)属于蔷薇科中常见的一种核果,全世界范围内分布广泛,具有较高的营养价值,富含膳食纤维、有机酸、维生素C、胡萝卜素、微量元素等。 木质化的内果皮(endocarp)在包括杏在内的许多具有较高经济价值的核果(drupe fruits)种子发育过程中发挥着非常重要的作用,为种子提供了安全的发育环境,避免了直接暴露于各类害虫与病原菌。 内果皮木质化是核果成熟的一个重要标志,木质化的过程本质上是植物次生细胞壁形成与木质素积累的过程,在以往其他核果中的研究发现,一些与植物生长发育相关的重要转录因子,比如MYB、NAC、MADs-box,在核果内果皮的发育调控网络中扮演着重要的角色。 本研究以两种不同内果皮表型的两种杏作为实验材料,借助高通量测序来揭示杏内果皮发育背后的分子调控机制。 材料与方法: 测序材料: LE品种杏 内果皮薄、柔软、韧性高 JG品种杏 内果皮厚、坚硬、韧性低 取样部位: 去核果实 测序平台: Illumina HiSeq™ 2500 PE125测序 技术路线: 结果--LE、JG品种杏内果皮表型观察比较 a)如图2所示,两种品种杏的果实具有相似的发育模式,a1、b1、c1是以开花后时间(DAFB)为横坐标,分别以果实重量、果实长度、果实宽度为纵坐标做图,两种杏的果实均呈现出了“双S曲线”生长模式,图a2、b2、c2是分别对a1、b1、c1一阶导数作图,两种果实同样也表现出相似的趋势。 根据生长曲线,研究者将果实的发育划分为4个时期:第一次指数生长期(before 30DAFB)、缓慢生长期(30-49DAFB)、第二次指数生长期(49-83DAFB)、成熟期(after 83DAFB)。 b)图3展示了两种品种杏的内果皮在果实发育的不同阶段各项指标的比较,包括内果皮木质素含量(图3d)、内果皮厚度(图3e)、内果皮界面面积(图3c)、内果皮木质素积累直观观察(图3b)、内果皮显微镜直观观察结果(图3a)。 图3a显示,LE品种与JG品种的内果皮在15DAFB之前形态上基本无差异,15DAFB之后,LE品种的内果皮开始出现破裂缺失,随着发育阶段往后推移,破裂程度越来越大。 图3e显示,LE品种与JG品种的内果皮在30DAFB之前厚度上并无差异,之后在厚度上,两种品种出现显著差异。 图3d显示,LE品种与JG品种的内果皮中木质素含量也在24DAFB之后出现显著差异。 综合以上表型观察结果得出,LE品种与JG品种的内果皮发育过程以及内果皮木质素含量存在显著差异。   结果--mRNA测序与转录本组装 a)测序取样部位 : 去核后的果实,每个品种两个生物学重复 测序取样时间点 : 根据上一部分的表型观察结果,LE品种内果核在15DAFB时出现裂缝,在24DAFB时,裂缝程度开始快速增大,因此,该mRNA测序项目选择了15DAFB和24DAFB两个时间点样本 b)转录本组装:测序共得到~20Gbase clean data,使用Trinity软件组装得到63,170条unigene,unigene N50大小1689bp,详细组装结果参见表1。 结果--unigene功能注释 a)基于blast比对,63,170条unigene中有25,356可比对到日本杏(Japanese apricot)与桃(peach)基因组数据库。 b)使用BLASTx(e-value阈值设为10e-5)将上述25,356条unigene比对到NR, Swiss-Port, GO, COG, KOG ,kegg数据库以进行功能注释,每条unigene均有多条注释,详细的注释结果统计信息请参见表3. c)GO数据库注释过程中,16,506条unigene被注释到,其中, ‘metabolic process’ (8408 genes, 50.93%)是被注释到最多的GO 条目;KEGG数据库注释过程中,4830条unigene被注释到了118个代谢通路。大部分的unigene被注释到了‘carbohydrate metabolism’...

Differentially expressed immune-related genes in hemocytes of the pearl oyster Pinctada fucata against allograft identified by transcriptome analysis 杂志:Fish & Shellfish Immunology 影响因子:3.148 PMID: 28126621 研究背景:合浦珠母贝是在中国普遍养殖的海洋珍珠贝,占海洋珍珠产业90%以上的比例。为了培养珍珠,需要将供体珍珠牡蛎的地幔片用细胞核移植到受体中,但是移植后的免疫抑制反应会使成功率降低。加强了解宿主牡蛎对移植体的免疫反应有利于提高珍珠培养技术的效率。然而,当前的研究中关于珍珠贝对同种异体移植的免疫抑制报道却很少。本文拟通过对移植的合浦珠母血细胞转录组动态变化进行研究,获得移植反应过程相关基因。   研究材料:  生长1.5年的健康合浦珠母贝(P. fucata) 将和浦珠母贝进行同种地幔片移植手术,分别收集手术后0h和48h血淋巴,每个时期选取6-7只牡蛎的样本进行混合,分别提取两个样本的total RNA。   研究方法:在本研究中,对同种异体移植后0小时和48小时的珍珠贝的血细胞免疫反应进行了转录组分析。与合浦珠母贝的参考基因组进行了比对,为了鉴定所有与免疫相关的差异表达基因,本研究进行了GO注释和KEGG通路分析。最后,随机筛选免疫相关差异表达基因进行qRT-PCR验证,以确保研究的准确性。 测序平台:Illumina Hiseq 2500 platform 测序数据量:测序得到92.5M的clean reads   技术路线: 结果 结果 1.测序结果 两个样本Raw reads经过去接头和去低质量的reads后分别得到6.1Gb(0h)和6.2Gb(48h)的数据量。且每个样本的Q30值都大于92%,GC含量分别是44.73%(0h)和42.19%(48h),与合浦珠母贝参考基因组比对率分别是58.95%(0h)和60.27%(48h),如表1所示。 表1.转录组测序数据统计分析 2.基因注释结果 与合浦珠母贝参考基因组比对,共获得1912个新基因,通过与NR/Swiss-Prot/ GO/ COG和KEGG数据库比对,其中1579个基因找到注释信息,另外333个基因没有在数据库中找到注释信息,如表2所示 表2.新基因注释信息统计 3.两组之间差异表达分析结果 比对0h和48h基因表达量,共获得798个差异表达基因(其中410个上调基因,388个下调基因)。在这些差异表达基因中其中有226个与编码热休克蛋白家族的基因在0h高表达,其中314个与编码丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶和EF-hand 钙离子结合蛋白的相关基因在48h高表达,这些基因都与免疫防护有关。 图1.0h/48h每个基因表达水平火上图 4.差异表达基因功能注释结果 为了进一步研究这些差异表达基因的生物学价值,对这798个差异表达基因按照功能进行GO富集分析,共产生45个GO terms。所有的基因都归到cellular component(17个terms),molecular function(11个terms)和biological processes(17个terms)三个功能类别,其中与免疫相关的差异表达基因主要富集在“biological process”一类,且这一类别中有9个差异表达基因富集在免疫系统过程子分类,有67个差异表达基因富集在刺激反应子分类。 图2.差异表达基因GO分类 5.免疫反应相关差异表达基因的鉴定结果 为了在这些差异表达基因中更进一步的挖掘免疫相关基因,研究人员将免疫反应相关差异表达基因按照不同功能进行分类,获得64个GO terms,其中包含51个差异表达基因,有刺激反应(8个基因)、抗菌体液反应(5个基因)、对压力的响应(8个基因)。其他的GO terms主要与这些子分类相关:受体介导的胞吞、真菌反应、饥饿反应以及损伤修复。鉴定了一些参与细胞凋亡和死亡的基因,包含金属蛋白酶-19基质、丝氨酸/苏氨酸激酶、Kr-h1、酪氨酸蛋白激酶Abl、和ATP结合转运蛋白。另外,有24个差异表达基因属于刺激、压力和温性反应的GO类别。这些基因跟移植免疫反应相关(其中6个上调,18个下调),包括TLR 和HSP。 研究人员将以上获得的所有的差异表达基因比对到KEGG数据库去寻找与免疫反应相关的基因。在798个差异表达基因中,有122个基因对应到64个KEGG通路。其中,19个免疫相关基因对应到16个通路,包括内吞作用(5个)、NOD-like受体信号通路(1个)、泛素介导蛋白质水解(4个)和其他路径。研究人员主要关注抵御病原体入侵相关的toll-like受体信号通路和溶酶体。这一路径有四个主要的基因家族,分别有TLRs、 IRFs、Ils和 TNFs。共鉴定了1个与TLR信号通路相关的unigene,2个与溶酶体相关的unigene 。 图3.Unigene的KEGG通路分布图 该研究通过基因注释、聚类分析和通路分析的方法,最终鉴定了72个典型的免疫基因(其中25个上调基因,47个下调基因)。随后,研究人员将这些免疫相关差异表达基因按照不同时期进行分层聚类分析,在0h和48h两个时期的免疫相关差异表达基因有明显不同,说明移植前后牡蛎中免疫相关变化明显。 图4. 分层聚类分析 6.qRT-PCR验证 研究者随机对其中18个免疫相关的差异表达基因进行qRT-PCR实验。结果显示用qRT-PCR检测到的倍性变化与RNA-Seq的表达模式相比,结果基本一致,且RNA-Seq检测更敏感。 图4.qRT-PCR验证 研究结论 该转录组研究共发现了1912个新基因,移植和非移植组比对后共有798个差异表达基因,通过GO富集和KEGG通路分析等方式最终鉴定出了72个典型的免疫相关基因,包括TLRs、细胞因子、HSPs、细胞凋亡和抗氧化剂等。另外,通过qRT-PCR对其中18个免疫相关的差异表达基因进行验证,实验结果与RNA-Seq的结果基本一致表明该实验结果准确可信。     创新点 首次通过合浦珠母贝转录组测序研究寻找到与同种异体移植免疫相关的基因,为进一步分析合浦珠母贝同种异体移植的免疫抑制提供了依据,为同种异体移植牡蛎存活率的提高提供了有价值的信息。...

Genome-Wide Analysis of lncRNA and mRNA Expression During Differentiation of Abdominal Preadipocytes in the Chicken PMID: 28108554 杂志:G3 (Bethesda) 影响因子:2.861   研究背景:腹部脂肪是肉鸡的重要胴体性状。选育过程中对鸡快速生长率的过分强调导致了过多的脂肪堆积,过量的脂肪沉积导致饲料转化率、胴体产量、产蛋率、受精率和孵化率降低。因此,腹部脂肪含量较低成为肉鸡的主要育种目标。脂肪细胞生成是受多种转录事件调节的一个复杂过程,近期的一些研究通过全基因组范围内的mRNA (Ji et al. 2012;Regassa and Kim 2015)和microRNA (Wang et al. 2015)分析,探索了鸡脂肪生成的相关调节机制。但是目前对脂肪生成的调节机制知之甚少。此外,长链非编码RNA(lncRNA)调节脂肪形成和其他与代谢组织发育和功能相关的过程,但是鸡体内前脂肪细胞分化期间lncRNAs的功能和特征尚不清楚。 材料方法: 1.实验材料: 取14日龄京海黄鸡,无菌条件下分离4g腹部脂肪组织。剪碎组织、胶原酶I消化并分离基质血管组分后,利用DMEM/F12培养基(含10%胎牛血清),在35℃和5% CO2的条件下培养至90%汇合度。分别诱导分化0、48、96和144 小时后取样进行RNA-seq,每个时间点做三个生物学重复。 2.测序方法及数据量: RNA-seq,Illumina XTen. 从12个样本总共获得了1,300,074,528 clean reads (195.02 Gb)。 技术路线: 实验结果: 测序结果和质量控制 分离培养腹部前脂肪细胞,诱导分化48小时、96小时和144个小时后取样进行RNA-seq,未诱导分化的细胞(0小时)作为对照。对12个样本的文库进行测序得到1,300,074,582 (195.02 Gb) clean reads。每个样本的Q30都在92.81%以上,平均GC含量为52.51%,12个样本的比对率在79.40和84.30%之间。 前脂肪细胞lncRNA及其功能预测 经筛选获得了27,023个新的lncRNA。基于lncRNA顺式作用功能鉴定了4915个靶基因。进一步通过GO分析发现总共有1746、1544和2174个基因分别被富集到生物过程、细胞组成和分子功能三个GO条目内。KEGG富集分析显示917个基因被显著富集到包括Wnt、MAPK和血管平滑肌收缩通路中。 腹部前脂肪细胞分化相关的差异表达lncRNAs和mRNAs分析及功能注释 将分化0、2、4、6天的前脂肪细胞样本进行两两比较(A0 vs. A2;A0 vs. A4;A0 vs. A6;A2 vs. A4;A2 vs. A6和A4 vs....

Transcriptome analysis of the immune reaction of the pearl oyster Pinctada fucata to  xenograft from Pinctada maxima 杂志:Fish & Shellfish Immunology 影响因子:3.148 PMID: 28606863 研究背景 大珠母贝(P. maxima)通过同种异体移植的方法进行培养面临很大的困难,而对于合浦珠母贝(P. fucata)而言,同种异体移植培养较容易实现。如果合浦珠母贝可以作为孕育受体去培养大珠母贝珍珠,将有益于大珍珠培养产业的发展。移植后的免疫抑制反应是阻碍该产业前行的一大障碍。据前期的研究统计,珠母贝通过异种异体移植的存活率约在6.3%-15.4%之间。人体器官异种异体移植的免疫反应已有相关报道;在软体动物中,异种异体移植的免疫抑制反应也有报道;但是在珠母贝免疫反应研究中,仅有一项通过转录组技术对珠母贝同种异体移植免疫抑制反应的研究。 研究目的 此项研究希望通过转录组技术对合浦珠母贝异种异体移植后免疫分子变化进行探索,寻找对抗宿主珠母贝免疫抑制反应的策略。 材料方法  3.1实验材料 大珠母贝,合浦珠母贝 实验组: 同种组:合浦珠母贝植入合浦珠母贝地幔片 异种组:合浦珠母贝植入大珠母贝地幔片 对照组:合浦珠母贝 实验组分别取手术后不同时期的宿主珠母贝(0 h, 6 h, 12 h, 24 h, 48 h, 72 h和 96 h)血淋巴, Control组收集宿主珠母贝的血淋巴(0h),共15个样本,分别进行RNA提取。  3.2测序方法和数据量 测序平台:Illumina Hiseq 2500 platform 总计得到107.93Gb的clean reads,平均每个样本7.1Gb的数据。 3.3分析方法 所有分析在百迈客云平台完成(BMK Cloud :http://www.biocloud.net/)。 主要分析: a.数据质控 (去接头,去低质量的序列); b.利用合浦珠母贝参考基因组进行组装; c.与数据库比对(NR、Swiss-Prot 、GO...

解决方案概述   针对动物基因组学研究,百迈客云可通过BMKCloud_数据库模块向用户提供海量的动物高通量测序公共数据,借助公共数据,可大幅降低研究成本,提升研究层次。数据检索、下载、保存均在图形化界面下完成,避免了传统模式中,须在命令行界面下进行数据下载、格式转换等一系列繁琐操作的限制,完全适用于国内生信0基础的用户。 对于公共数据的下游分析,百迈客云目前已实现公共数据模块与分析模块的无缝对接,用户可直接将已保存至用户目录的数据直接导入BMKCloud_APP分析模块进行下游分析,该模块同样采用图形化操作界面,无需用户掌握任何编程基础,高度集成化专业化的分析流程可保证用户快速完成对数据的基础分析以及必要的数据深度挖掘。   整合mRNA公共测序数据,构建猪肉品质相关miRNA-mRNA调控网络   方案实现过程 1)进入BMKCloud_数据库模块进行数据检索与保存。 2)进入BMKCloud_APP模块,简单5步完成公共数据or自测数据导入及任务投递。 3)分析结果自动生成,继续使用个性化分析模快速完成数据深度挖掘。     BMKCloud_数据库收录的猪属数据所涉及研究方向:   疾病类研究:猪多系统衰竭综合征、猪生殖呼吸道综合征、支气管哮喘、猪伪狂犬病、猪弓形虫病、全反式维甲酸&抗病、猪圆环病毒感染、鼠伤寒沙门菌感染、口蹄疫病毒感染、猪巨细胞病毒感染、脊髓损伤...

解决方案概述   针对动物基因组学研究,百迈客云可通过BMKCloud_数据库模块向用户提供海量的动物高通量测序公共数据,借助公共数据,可大幅降低研究成本,提升研究层次。数据检索、下载、保存均在图形化界面下完成,避免了传统模式中,须在命令行界面下进行数据下载、格式转换等一系列繁琐操作的限制,完全适用于国内生信0基础的用户。 对于公共数据的下游分析,百迈客云目前已实现公共数据模块与分析模块的无缝对接,用户可直接将已保存至用户目录的数据直接导入BMKCloud_APP分析模块进行下游分析,该模块同样采用图形化操作界面,无需用户掌握任何编程基础,高度集成化专业化的分析流程可保证用户快速完成对数据的基础分析以及必要的数据深度挖掘。   整合mRNA公共测序数据,构建猪肉品质相关miRNA-mRNA调控网络   方案实现过程 1)进入BMKCloud_数据库模块进行数据检索与保存。 2)进入BMKCloud_APP模块,简单5步完成公共数据or自测数据导入及任务投递。 3)分析结果自动生成,继续使用个性化分析模快速完成数据深度挖掘。     BMKCloud_数据库收录的牛属数据所涉及研究方向:   疾病类研究:膀胱癌 、牛副结核病、牛病毒性腹泻、牛圆环病毒感染、牛支原体感染、牛疱疹病毒感染、裂谷热病毒感染、大肠杆菌感染、结核分枝杆菌感染、多形腺瘤基因(PLAG)功能研究、繁殖力低下...

解决方案概述   针对植物基因组学研究,百迈客云可通过BMKCloud_数据库模块向用户提供海量的植物高通量测序公共数据,借助公共数据,可大幅降低研究成本,提升研究层次。数据检索、下载、保存均在图形化界面下完成,避免了传统模式中,须在命令行界面下进行数据下载、格式转换等一系列繁琐操作的限制,完全适用于国内生信0基础的用户。 对于公共数据的下游分析,百迈客云目前已实现公共数据模块与分析模块的无缝对接,用户可直接将已保存至用户目录的数据直接导入BMKCloud_APP分析模块进行下游分析,该模块同样采用图形化操作界面,无需用户掌握任何编程基础,高度集成化专业化的分析流程可保证用户快速完成对数据的基础分析以及必要的数据深度挖掘。   BMKCloud_数据库目前收录数据9PB,覆盖约1100个属,常见作物数据收录情况见下图:   整个多个大豆RNA-seq公共数据,分析SWEET基因家族在大豆生殖组织与营养组织间表达变化规律   BMKCloud_数据库收录的大豆数据所涉及研究方向:   发育调控类:产量 蛋白含量 油含量 叶发育 花发育 根发育 种子发育...